个体工商户通过微信发工资，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性角度
工资支付形式：
- 根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。微信转账属于电子支付方式的一种，其本质仍然是货币支付，因此从形式上看，微信发工资并不违反法律规定。
支付记录与凭证：
- 关键在于微信转账是否能作为有效的工资支付记录。如果个体工商户能够确保微信转账记录的完整性、真实性和可追溯性，比如转账时备注“工资”字样，且能够提供与转账记录相对应的工资表、考勤记录等辅助证据，那么微信转账记录可以作为工资支付的合法凭证。
税务合规性：
- 个体工商户通过微信发工资时，必须确保依法履行纳税义务。这包括代扣代缴个人所得税，并向税务机关提供真实的工资支付记录。如果个体工商户能够做到这一点，那么微信发工资在税务方面也是合法的。
潜在风险与注意事项
转账记录的保存：
- 个体工商户应妥善保存微信转账记录，以备未来可能出现的劳动纠纷或税务检查。建议定期将转账记录导出并打印成纸质文件，或者保存在安全的电子存储设备中。
员工同意与知情权：
- 在采用微信发工资前，个体工商户应征得员工的同意，并确保员工了解这种支付方式的具体操作和可能的风险。这有助于维护良好的劳动关系，避免因支付方式变更而引发的纠纷。
避免现金交易与“账外账”：
- 个体工商户应避免将微信发工资作为逃避税务监管的手段，比如通过现金交易或“账外账”来隐瞒实际工资支付情况。这种行为不仅违法，而且可能面临严重的法律后果。
实际操作建议
完善工资支付制度：
- 个体工商户应制定完善的工资支付制度，明确工资支付的方式、时间、金额等关键要素，并确保制度内容符合法律法规的要求。
加强沟通与培训：
- 在采用微信发工资前，个体工商户应加强与员工的沟通，解释这种支付方式的具体操作和可能的风险，并培训员工如何正确接收和保存工资支付记录。
寻求专业法律意见：
- 如果个体工商户对微信发工资的合法性或具体操作存在疑问，建议寻求专业法律意见，以确保工资支付方式的合法性和合规性。
如果你在个体工商户经营或工资支付方面遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。