结论：个体户通过微信转账发工资本身并不违法，但需满足一定条件并注意潜在风险。

1. 合法性分析
   根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。微信转账属于电子支付方式，其本质仍是货币支付，因此不违反法律强制性规定。但需注意：

   • 需保留完整转账记录（如截图、账单明细），证明转账性质为工资而非借款或其他款项；
     
   • 转账金额需与劳动合同或口头约定的工资数额一致，避免因金额争议被认定为其他法律关系。

2. 税务合规风险
   个体户需按《个人所得税法》履行代扣代缴义务：

   • 若未申报个税，即使通过微信转账，仍可能被税务机关认定为偷逃税款，面临补缴税款、滞纳金及罚款；
     
   • 建议：每月转账时备注“工资”并留存员工签字的工资表，同时通过税务系统申报个税，确保流程合规。

3. 劳动权益保障风险
   微信转账可能影响员工维权证据的完整性：

   • 若发生劳动争议（如拖欠工资），员工需证明转账与劳动关系的关联性；
     
   • 建议：补充签订书面劳动合同，明确工资支付方式为微信转账，或要求员工出具收款确认书，降低举证难度。

4. 操作建议

   • 优先选择银行转账：银行流水自带交易备注功能，且不易篡改，证据效力更强；
     
   • 完善内部流程：若坚持使用微信，需制定书面制度，要求员工定期确认收款并留存凭证；
     
   • 定期对账：每月与员工核对工资明细，避免因金额误差引发纠纷。

总结：微信转账发工资合法，但需通过规范操作规避税务和劳动风险。如有具体案例或操作细节需要进一步分析，可直接向我咨询。