公司有违法行为时，并非仅由法人（法定代表人）承担责任，而是根据具体情况可能由公司、直接负责的主管人员和其他直接责任人员，以及法定代表人分别或共同承担责任。以下是对此问题的详细分析：
一、公司独立承担责任原则
公司作为独立的法人实体，具有独立的财产和人格，以其全部财产对公司的债务和违法行为独立承担责任。这是法人制度的基本原理体现。例如，如果公司因排放超标污染物被处罚，该责任通常由公司承担，不直接追究法定代表人个人责任。
二、法定代表人可能承担的责任
虽然一般情况下公司违法行为由公司承担，但在某些特定情况下，法定代表人也可能需要对公司的违法行为承担个人责任。这些情况包括但不限于：
过错追偿责任：
- 若法定代表人在执行职务过程中有过错，导致公司承担民事责任后，公司可依法向有过错的法定代表人追偿。例如，法定代表人因疏忽大意导致公司签订了不利的合同，给公司造成损失，公司有权向其追偿。
关联违法行为责任：
- 如果法定代表人是公司股东，且存在滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的行为，应当承担赔偿责任。同时，如果法定代表人滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，也应当对公司债务承担连带责任。
特定领域法律责任：
- 在某些特定领域，如税收征管中，若公司存在偷税漏税行为，且法定代表人起主要作用，则可能面临行政处罚甚至刑事责任。例如，根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，法定代表人可能因公司的偷税漏税行为而被罚款或面临其他法律后果。
三、其他相关主体的责任
除了公司和法定代表人外，其他相关主体也可能对公司的违法行为承担责任。这些主体包括但不限于：
直接负责的主管人员和其他直接责任人员：
- 在公司违法犯罪行为中，除了公司本身需承担责任外，对违法行为直接负责的主管人员和其他直接责任人员也需承担相应责任。这可能包括刑罚或其他行政处罚。例如，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
股东：
- 在特定情况下，如股东滥用股东权利给公司或其他股东造成损失，或者滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务，严重损害公司债权人利益的，股东可能需要对公司债务承担连带责任。
四、综合建议
- 严格遵守法律法规：公司应建立健全内部管理制度，确保合法合规经营，防范违法行为的发生。
- 明确责任分工：公司应明确各岗位的职责和权限，避免责任不清导致的管理混乱和法律风险。
- 积极配合调查处理：面对公司违法问题，法定代表人和其他相关人员应积极配合调查处理，根据实际情况承担相应的法律责任。
总结来说，公司有违法行为时，其责任承担需根据具体情况和法律规定来确定。法定代表人虽不总是直接承担责任，但在特定情形下仍需对公司的违法行为负责。因此，作为公司的法定代表人或其他相关人员，应时刻保持警惕，确保公司运营符合法律法规要求。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。