村委会可采取以下合法措施应对村民在耕地上种树的行为：

1. 调查核实与劝阻制止
   村委会应首先核实土地性质（是否为基本农田或一般耕地），通过查阅土地承包合同、土地利用规划图等材料确认权属。若确认属于违规占用耕地，需及时向村民说明《土地管理法》第三十七条及《农村土地承包法》第十八条的规定，明确禁止非农化、非粮化行为，并要求村民限期整改（如移除树苗、恢复耕种）。

2. 上报行政主管部门
   若村民拒不配合，村委会应向乡镇人民政府或县级自然资源部门报告，由行政机关依据《土地管理法》第七十五条启动调查程序。行政机关可作出责令限期改正、罚款（占用基本农田的处耕地开垦费2倍以上5倍以下罚款，占用一般耕地的处开垦费1倍以上2倍以下罚款）等行政处罚，甚至强制恢复土地原状。

3. 启动土地承包合同解除程序
   若村民行为构成根本违约（如长期撂荒或改变土地用途），村委会可依据《农村土地承包法》第四十二条，提前通知承包方解除合同，并收回土地重新发包或组织复耕。需注意，解除合同需经村民会议或村民代表会议三分之二以上成员同意，并报乡镇人民政府批准。

4. 引导合法流转或调整用途
   若村民确有种树需求（如发展林果业），村委会可协助其通过合法途径实现：

   • 土地流转：引导村民将耕地流转给符合条件的经营主体，并签订书面流转合同，明确土地用途限制；
     
   • 用途变更：若符合国土空间规划，可依法申请将耕地转为林地（需经省级人民政府批准，并落实耕地占补平衡）。

风险提示：村委会不得直接采取强制清表、断水断电等过激行为，否则可能涉嫌行政违法或侵权。若涉及群体性事件，建议同步启动社会稳定风险评估，并协调司法所、人民调解委员会介入调解。

建议流程：

1. 现场取证（拍照、录像、制作询问笔录）；
   
2. 发出书面《整改通知书》并留存送达回证；
   
3. 逾期未整改的，上报行政机关并配合执法；
   
4. 同步申请农业部门提供技术指导，协助村民复耕或合法转型。
   

如有具体案例细节（如土地类型、村民行为持续时间等），可进一步分析法律适用及处置方案。