针对您提出的“员工二次合同到期，公司不打算续签，该如何进行补偿以减少损失”的问题，以下是我根据《劳动合同法》及相关法规，为您提供的详细解答：
一、明确补偿原则
在劳动合同二次到期后，若公司不打算续签，一般情况下需要向员工支付经济补偿。但需注意，若公司维持或提高条件续订而员工不同意，或者员工存在过错（如严重违反公司规章制度等），则公司无需支付经济补偿。
二、经济补偿的计算与支付
经济补偿的计算标准：
- 经济补偿按员工在本公司工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若员工月工资高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按此三倍数额支付，且年限最高不超过十二年。
经济补偿的支付时间：
- 经济补偿一般应在解除或终止劳动合同时一次付清，以确保员工的合法权益得到及时保障。
三、特殊情况下的补偿处理
公司降低条件续订而员工不同意：
- 若公司降低劳动合同约定条件续订而员工不同意，也视为公司需支付经济补偿的情形。此时，经济补偿的计算标准与上述相同。
公司违反法律规定不续签：
- 若公司违反法律规定不续签劳动合同，如无正当理由强行终止，需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。这是对公司违法行为的严厉惩罚，也是对员工权益的充分保护。
四、减少损失的建议
提前沟通与协商：
- 在合同到期前，公司应与员工进行充分沟通，了解员工的意愿和期望，尽量通过协商达成一致意见，避免不必要的法律纠纷。
依法合规操作：
- 公司应严格遵守《劳动合同法》及相关法规的规定，确保在合同到期不续签时的处理程序合法合规，避免因违法行为而承担额外的赔偿责任。
完善内部管理制度：
- 公司应完善内部管理制度，明确合同到期不续签的处理流程和责任分工，确保在处理此类问题时能够迅速、有效地应对。
寻求专业法律支持：
- 若公司在处理合同到期不续签问题时遇到法律难题或争议，应及时寻求专业法律支持，以确保公司的合法权益得到妥善维护。
五、争议解决途径
若双方对补偿金额有异议，可首先通过协商解决；协商不成，可向劳动争议仲裁机构申请仲裁；对仲裁结果不服，还可向法院提起诉讼。在争议解决过程中，双方应保持冷静、理性，依法维护自己的合法权益。
综上所述，公司在处理员工二次合同到期不续签的问题时，应依法合规操作，确保员工的合法权益得到妥善保障。同时，公司也应积极寻求减少损失的方法，如提前沟通与协商、完善内部管理制度等。希望以上解答能对您有所帮助。