企业土地开发中，若既未按时开工又未按时竣工，违约金的收取需根据合同约定、法律规定及实际损失情况综合判定，具体分析如下：

1. 合同约定优先
   若土地出让合同或开发协议中明确约定了开工、竣工期限及违约金条款（如按日计收违约金、固定比例违约金等），则违约金的收取应首先遵循合同约定。例如，合同可能规定“逾期开工每日按土地出让金0.1%支付违约金，逾期竣工每日按0.2%支付”，此时需按约定比例计算。
   注意：若合同约定的违约金过高（超过实际损失30%），违约方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整；若过低，守约方可主张增加。

2. 法定违约金规则
   若合同未约定违约金或约定不明，可参考《民法典》第577条（违约责任）及第584条（损失赔偿范围），以实际损失为基础确定违约金。例如，因逾期开发导致政府无法按计划使用土地，政府可主张土地闲置期间的资金占用损失、预期收益损失等。
   特殊情形：若土地闲置满2年，政府可能无偿收回土地使用权（《城市房地产管理法》第26条），此时违约金可能与土地收回的行政处罚并行。

3. 行政处罚与违约金的区分
   需注意区分合同违约金与行政处罚：

   • 合同违约金：由合同双方约定，属于民事责任，赔偿对象为守约方（如政府作为出让方）。
     
   • 行政处罚：如自然资源部门对逾期开发企业征收土地闲置费（按土地出让价款20%以下），属于行政责任，与违约金可并存，但不得重复计算同一损失。
     示例：企业既需按合同向政府支付违约金，又需向自然资源部门缴纳闲置费，但若闲置费已覆盖政府损失，违约金可能被调减。

4. 实际损失的举证责任
   若主张调整违约金，违约方需举证证明实际损失低于约定金额。例如，企业可提供土地闲置期间未产生额外成本（如未投入建设资金）的证据，或政府未因逾期开发遭受实际损失（如土地未影响其他项目开发）的证明。

建议行动：

1. 核查土地出让合同、补充协议等文件，明确违约金条款及计算方式；
   
2. 收集实际损失证据（如资金成本、市场变化影响等），为可能的调整主张做准备；
   
3. 若涉及行政处罚，同步评估行政责任与民事责任的竞合问题。
   

如有进一步细节（如合同条款、逾期时长、政府主张金额等），可提供具体信息以便更精准分析。