基金会的法人代表可以是秘书长，但需满足一定条件并遵循相关程序。以下是对这一问题的详细分析：

一、基金会法定代表人的通常规定与灵活性

根据《基金会管理条例》的相关规定，基金会的法定代表人通常由理事长担任，这是因为理事长作为基金会的管理和决策核心，对基金会的整体运营和发展承担着主要责任。然而，这一规定并非绝对，基金会的法定代表人也可以由副理事长或秘书长担任，具体人选需依据基金会的章程来确定。这种灵活性体现了法规对基金会内部管理结构的尊重与优化，允许基金会根据自身实际情况和需要来选定最合适的法定代表人。

二、法定代表人资格的具体要求与限制

无论法定代表人由谁担任，都必须符合法律法规的要求。存在以下特定情形的个人，不得担任基金会的法定代表人：

1. 刑事处罚限制：因犯罪被判处管制、拘役或者有期徒刑，且刑期执行完毕未超过5年的个人，不得担任法定代表人。
2. 政治权利剥夺：正在执行或曾被执行过剥夺政治权利的个人，同样不得担任法定代表人。
3. 违法责任关联：曾在因违法行为被撤销登记的基金会中担任过理事长、副理事长或秘书长，并对该基金会的违法行为负有直接个人责任，自该基金会被撤销之日起未满5年的个人，也不得担任法定代表人。

此外，基金会的法定代表人不能同时兼任其他组织的法定代表人职位，以确保其能专注于基金会的管理和运营，避免潜在的利益冲突和管理混乱。

三、法定代表人的选定与变更程序

若基金会决定由秘书长担任法定代表人，需遵循以下程序：

1. 章程规定：首先，基金会的章程中应明确规定法定代表人的选定方式，包括可以由秘书长担任的情况。
2. 内部决策：根据章程规定，通过内部决策程序（如理事会会议）选定秘书长为法定代表人。
3. 备案登记：选定后，需及时向登记管理机关提交相关材料，完成法定代表人的备案登记手续。

若确需变更法定代表人，也必须严格按照基金会章程所规定的程序进行，包括内部选举或指定流程，并及时向登记管理机关提交变更材料，以完成正式的法人代表变更手续。

四、法律建议与风险提示

1. 合规性审查：在选定或变更法定代表人前，基金会应进行合规性审查，确保所选人员符合法律法规的要求，避免潜在的法律风险。
2. 章程修订：若基金会章程中未明确规定法定代表人可以由秘书长担任，建议及时修订章程，以明确这一规定，为后续操作提供法律依据。
3. 及时备案：选定或变更法定代表人后，务必及时向登记管理机关提交相关材料，完成备案登记手续，以确保基金会的合法运营。

综上所述，基金会的法人代表可以是秘书长，但需满足一定条件并遵循相关程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。