关于重复查封在建工程房产时债权人如何分配的问题，核心结论是：重复查封本身不直接决定分配顺序，但查封顺序、债权性质及执行程序中的参与分配规则是关键影响因素。以下从法律规则和实务操作两个维度展开说明：

一、查封顺序对分配的基础性影响

根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十六条，首次查封法院对查封财产有处置权，后续查封法院需通过商请移送程序或等待首封法院处置后参与分配。实务中：

1. 首封债权人优先受偿：若首封法院启动拍卖程序，拍卖所得优先清偿首封债权人的执行标的额（包括本金、利息、实现债权费用等），剩余部分才用于清偿后续查封债权人的债权。
2. 轮候查封的效力：轮候查封自首封解除时自动生效，但若首封法院已将财产处置完毕，轮候查封债权人可能无法实际受偿。例如，首封债权人债权为1000万元，拍卖所得为800万元，则轮候查封债权人无法从该财产中受偿。

二、债权性质对分配的实质性影响

即使存在重复查封，债权性质仍可能突破“查封优先”原则：

1. 优先权债权优先：根据《民法典》第三百九十四条，抵押权、质权等担保物权优先于普通债权受偿。例如，在建工程已办理抵押登记，抵押权人可优先于查封债权人受偿，无论其是否为首封。
2. 特殊债权优先：建设工程价款优先受偿权（《民法典》第八百零七条）、职工工资债权等法定优先权，可能优先于查封债权和抵押权受偿。例如，承包人可就工程折价或拍卖价款优先受偿，且该优先权不受查封顺序影响。

三、参与分配程序的适用规则

若被执行人为公民或其他组织，且财产不足以清偿全部债务，债权人可申请参与分配：

1. 申请条件：需在执行程序开始后、被执行人财产执行终结前提交书面申请，并提供债权凭证、查封裁定等材料。
2. 分配顺序：
   
   • 优先权债权（如抵押权、建设工程价款优先权）优先受偿；
     
   • 普通债权按比例分配，但首封债权人可能因提供财产线索或协助执行获得一定比例的额外分配（部分法院实践支持首封债权人分得5%-20%的额外份额）。

四、实务建议

1. 及时申请查封：债权人应尽早申请财产保全，争取首封地位以掌握处置权。
2. 核查债权性质：若存在抵押权、建设工程价款优先权等，需在参与分配申请中明确主张优先权。
3. 关注执行进展：通过执行法院或律师查询查封顺序、财产处置进度，避免因信息滞后导致权利受损。
4. 协商分配方案：在财产不足以清偿全部债务时，可与其他债权人协商达成分配协议，提高受偿效率。

若涉及具体案件，建议提供查封裁定、债权凭证等材料，以便进一步分析分配方案。