妻子与夫家长期无联系且独立生活多年后意外死亡，死亡证明的开具需根据其户籍和实际生活情况，分情况处理，具体如下：

1. 若妻子户籍仍在夫家所在地
   根据《户口登记条例》及《民法典》相关规定，死亡证明应由夫家户籍所在地的公安机关（派出所）出具。具体流程为：

   • 夫家亲属（如配偶、子女、父母）需向当地派出所申报死亡，并提供妻子意外死亡的初步证据（如事故现场证明、医院抢救记录等）；
     
   • 派出所会通过户籍系统核实身份，并联系妻子原籍地公安机关协助调查（如确认长期未在原籍生活）；
     
   • 若核实无误，派出所会出具《死亡注销证明》或《死亡医学证明推断书》（需医疗机构配合的，由医院出具后派出所盖章）。
     关键点：即使长期无联系，只要户籍未迁出，夫家所在地公安机关仍有管辖权。

2. 若妻子户籍已迁回原籍
   若妻子在独立生活期间已将户籍迁回原籍，则死亡证明应由原籍地公安机关出具。流程为：

   • 原籍亲属（如父母、兄弟姐妹）向原籍派出所申报死亡，提供意外死亡证据；
     
   • 派出所核实户籍信息及死亡事实后出具证明；
     
   • 若夫家需使用该证明（如处理遗产），可由原籍公安机关加盖公章后提供复印件或协助调取。
     关键点：户籍迁移后，原籍地公安机关成为法定出具主体，夫家无权直接开具。

3. 若户籍状态不明或存在争议
   若无法确认妻子户籍是否迁出，或夫家与原籍亲属对管辖权有争议，可采取以下步骤：

   • 查询户籍档案：夫家或原籍亲属可分别向两地派出所申请查询妻子户籍状态（需提供身份关系证明）；
     
   • 协商或诉讼解决：若双方均主张管辖权，可通过协商确定由一方出具证明，或向法院申请确认死亡事实及证明出具主体；
     
   • 补充证据：提供妻子长期在某地生活的证明（如租房合同、工作证明、社保记录等），协助公安机关确定管辖权。
     关键点：户籍档案是核心依据，生活痕迹证据可辅助证明实际居住地。

温馨提示：

• 死亡证明是处理遗产、保险理赔等事务的关键文件，建议尽快通过上述流程办理，避免延误；
  
• 若涉及跨国或跨省死亡，还需根据《出入境管理法》或异地协作机制，通过公安机关内部渠道协调出具；
  
• 如有其他复杂情况（如妻子失踪多年后被宣告死亡又出现意外死亡），可进一步向我咨询具体法律程序。