结论：共同追缴违法所得时，查封合法房产在特定条件下是合法的，但必须严格遵循法定程序和条件，确保房产与案件有直接关联，并充分保障当事人的合法权益。若缺乏合理关联或未遵循法定程序，则可能构成违法查封。
合法查封的条件与程序
法律依据明确：
- 根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，司法机关在刑事诉讼过程中，为防止犯罪分子转移、隐匿财产，有权对犯罪嫌疑人、被告人的财产采取查封等强制措施。若房产与非法所得存在紧密关联，例如是用非法所得购买，或者用于隐匿、转移非法所得，司法机关可依法查封。
- 举例来说，如果某人通过非法手段获得了大量资金，并用这些资金购买了房产，那么在追缴违法所得的过程中，司法机关有权查封这套房产。
遵循法定程序：
- 查封前必须经过相关审批手续，出示合法的法律文书，如查封决定书等。
- 通知房产所有人，并确保其知情权、异议权等合法权益得到保障。房产所有人有权对查封行为提出异议，司法机关应对异议进行及时审查和处理。
- 在实际操作中，司法机关会向房产所有人送达查封通知书，并告知其相关权利和义务。
违法查封的情形
缺乏证据和关联：
- 若无充分证据证明房产与非法所得存在合理关联，仅基于怀疑或猜测进行查封，则缺乏法律依据，可能构成违法查封。
- 例如，如果司法机关仅凭某人的收入与支出不符，就怀疑其拥有非法所得并查封其合法房产，而没有任何其他证据支持这一怀疑，那么这种查封行为就可能是违法的。
未遵循法定程序：
- 如未按法律规定办理审批手续，或在查封过程中未依法保障当事人的合法权益，也可能导致查封行为违法。
- 举例来说，如果司法机关在查封房产时未出示合法的法律文书，或者未通知房产所有人，那么这种查封行为就违反了法定程序。
特殊情况的考虑
- 在某些特殊情况下，即使房产本身是合法的，但若被用于隐藏、转移非法所得，或与涉案财产难以区分，为查清案情，司法机关也可能会暂时查封该房产。但这种查封同样必须遵循法定程序，并确保当事人的合法权益不受侵犯。
- 例如，如果某人的合法房产被用作非法活动的场所，或者与非法所得混同在一起难以区分，那么司法机关在查清案情的过程中可能会暂时查封该房产。
法律建议
- 如果您面临共同追缴违法所得的情况，且担心自己的合法房产可能被查封，建议您首先了解自己的房产是否与非法所得存在关联。如果存在关联，您应积极配合司法机关的调查工作，并主动说明情况。
- 如果您认为司法机关的查封行为违法或不当，您有权提出异议并寻求法律救济。您可以向司法机关提出书面异议，并附上相关证据材料。如果异议未得到妥善处理，您还可以向上一级司法机关申请复议或向人民法院提起诉讼。
总之，共同追缴违法所得时查封合法房产是一个复杂的法律问题，需要综合考虑多个因素。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。