没收违法所得时，一般不会没收夫妻共同房产中属于配偶的那部分，但会依法没收犯罪分子在夫妻共同房产中的份额。以下是对这一问题的详细分析：
一、没收财产的基本原则
根据《中华人民共和国刑法》第五十九条的规定，没收财产是指没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。这里的“个人所有财产”指的是犯罪分子本人实际所有的财产，以及其在与他人共有财产中依法应有的份额。因此，在执行没收财产时，法院会严格区分犯罪分子个人财产与夫妻共同财产，确保不会侵犯到犯罪分子配偶的合法权益。
二、夫妻共同房产的处理方式
明确财产归属：
- 夫妻共同房产是夫妻双方在婚姻关系存续期间共同购买的财产，归夫妻共同所有。在执行没收财产时，法院会首先对夫妻共同房产进行析产，即区分出属于犯罪分子的那部分财产份额。
- 一般情况下，如果没有特别约定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产属于夫妻共同共有，双方各占一半份额。但具体份额可能因购房出资比例、贷款偿还情况等因素而有所不同，需根据实际情况进行判断。
保障配偶合法权益：
- 在没收犯罪分子在夫妻共同房产中的份额时，法院会确保配偶的合法权益不受侵害。例如，如果夫妻共有的唯一住房被部分没收，法院可能会采取合理方式（如拍卖后返还配偶份额）来保障配偶的居住权。
三、特殊情况的处理
- 如果夫妻共同房产被用于为犯罪分子实施犯罪行为提供资金支持等与犯罪相关的情况，那么对于这部分用于犯罪的财产，法院可能会根据具体情况依法处理，如予以追缴等。但需要注意的是，这与没收财产本身针对犯罪分子个人合法财产的性质是不同的。追缴的是违法所得或用于犯罪的工具等，而非直接没收配偶的财产份额。
四、法律建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 如果您或您的家人面临没收财产的情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和权益保障措施。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
保留相关证据：
- 在处理夫妻共同房产时，建议保留好购房合同、付款凭证、贷款合同等相关证据。这些证据有助于证明房产的归属和份额，保护您的合法权益。
关注法院判决：
- 密切关注法院的判决和执行情况，确保自己的合法权益得到保障。如果对法院的判决或执行有异议，可以依法提出申诉或申请执行异议。
举例说明：假设一对夫妻共同购买了一套价值200万的房产，其中男方因犯罪被判处没收财产。在执行没收财产时，法院会首先对这套房产进行析产。如果经评估确定男方占有50%的份额（即100万），那么法院只能没收这100万对应的房产权益部分，而不能将整个房产都没收。同时，法院还会确保女方的合法权益不受侵害，如保障其居住权等。
综上所述，没收违法所得时一般不会没收夫妻共同房产中属于配偶的那部分。但在具体案件中，法院会根据犯罪行为的性质、共同财产的来源以及是否存在违法所得等因素依法进行细致区分和处理。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。