被查封房产中配偶的合法部分，在符合法律规定的情况下是可以保留的。针对这个问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 房产查封与追缴违法所得的法律依据

1. 查封措施：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律规定，司法机关在侦查、起诉、审判过程中，对于可能涉及违法所得的财物，可以采取查封、扣押、冻结等措施。
2. 追缴违法所得：同样依据上述法律，对于查明的违法所得及其他涉案财物，应当依法予以追缴。

二. 配偶合法部分的认定与保护

1. 财产权属原则：根据《中华人民共和国婚姻法》及后续相关司法解释，夫妻共同财产在婚姻关系存续期间归夫妻共同所有，但个人财产归各自所有。因此，在查封的房产中，应首先区分哪些部分属于夫妻共同财产，哪些部分属于配偶的个人财产。
2. 合法部分的保留：在追缴违法所得时，对于配偶的合法部分，即其个人财产或其在夫妻共同财产中的合法份额，应当依法予以保护，不应被错误地追缴或查封。

三. 实际操作中的注意事项

• 证据收集：配偶应提供充分证据来证明其在被查封房产中的合法份额，如房产证上的共有权登记、财产分割协议等。
• 法律程序：如果配偶认为其合法权益受到侵害，可以通过法律途径提出异议，要求司法机关对查封措施进行审查，并保护其合法权益。

综上所述，被查封房产中配偶的合法部分是可以保留的，但需要通过法律程序来确认和保护。配偶应积极收集证据，并在必要时寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。