在自由裁量权基准更替期间，其适用问题确实是一个需要细致考虑和明确规定的方面。针对您提出的问题，我将结合相关法规和实际操作经验，为您详细解答。
首先，我们要明确的是，当新的自由裁量权基准出台，而旧的基准尚未完全废止，或者在某些特定情况下新旧基准存在冲突时，如何适用就成为了一个关键问题。一般来说，这需要遵循以下几个原则：
有明确裁量基准的，优先适用： 如果新的自由裁量权基准中已经明确规定了某种违法行为的处罚标准和裁量范围，那么应当优先适用新的基准。这是法律更新和进步的体现，也是确保行政处罚公正、合理的重要前提。
裁量基准不明确或没有的，结合案件实际综合考量： 如果新的基准中未能涵盖某种违法行为，或者由于法律、法规的修改、废止等情况导致无法适用新的基准，那么应当按照相关适用规则（如《广东省市场监督管理局行政处罚裁量权适用规则》）的规定，结合案件的实际事实、性质、情节、社会危害程度以及当事人主观过错等因素，进行综合考量后作出行政处罚决定。
考虑新旧基准的衔接和过渡： 在自由裁量权基准更替期间，还需要特别注意新旧基准的衔接和过渡问题。一般来说，新的基准出台后，会设定一个合理的过渡期，以便行政机关和当事人适应新的规定。在过渡期内，如果旧基准仍然有效且未与新基准产生冲突，那么可以继续适用旧基准；但如果旧基准与新基准存在冲突或不一致之处，则应当以新基准为准。
遵循法定程序和原则： 在适用自由裁量权时，无论新旧基准如何更替，都必须严格遵循法定程序和原则，如合法性原则、过罚相当原则、公平公正原则等。这是确保行政处罚合法、合理、公正的重要保障。
针对您提到的具体案例（制造、销售、使用以欺骗消费者为目的的计量器具的行为的行政处罚），如果2025年《广东省市场监督管理行政处罚裁量权基准》中未找到相应裁量标准，而2019年的相关裁量标准已废止，那么市场监管部门在实施行政处罚时，就应当按照《适用规则》的规定，综合考虑违法行为的事实、性质、情节、社会危害程度以及当事人主观过错等因素，作出行政处罚决定。
总之，在自由裁量权基准更替期间，其适用问题需要综合考虑多个方面因素，包括新旧基准的衔接、案件的实际事实、法定程序和原则等。只有这样，才能确保行政处罚的公正、合理和合法。