核心结论：农村集体建设用地使用权人在不知情的情况下土地被调整为林草保护区，可通过确认调整行为合法性、主张补偿权利、寻求行政救济或司法救济等途径来处理。以下是具体分析：

一、确认调整行为的合法性

1. 审查调整依据：首先，需要审查将农村集体建设用地调整为林草保护区的依据是否合法。这通常涉及到对相关法律法规、政策文件以及地方性规章的审查。如果调整行为缺乏合法依据，或者违反了法定程序，那么该调整行为可能是无效的。
2. 了解调整程序：合法的土地用途调整通常需要经过一系列的程序，包括但不限于公告、听证、审批等。如果使用权人不知情，可能意味着调整程序存在瑕疵。使用权人可以要求相关部门提供调整程序的证明文件，以确认调整行为的合法性。

二、主张补偿权利

1. 依据相关法律法规：根据《土地管理法》等相关法律法规，因公共利益需要调整土地用途的，应当给予土地使用权人合理的补偿。使用权人可以依据这些法律法规，向相关部门主张补偿权利。
2. 确定补偿标准：补偿标准通常根据土地的原用途、地理位置、市场价值等因素确定。使用权人可以要求相关部门提供补偿标准的依据和计算方法，以确保补偿的公平性和合理性。
3. 协商与诉讼：如果与相关部门在补偿问题上无法达成一致，使用权人可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在诉讼过程中，使用权人需要提供充分的证据证明自己的损失和应得的补偿金额。

三、寻求行政救济

1. 申请行政复议：如果使用权人认为调整行为侵犯了自己的合法权益，可以向作出调整决定的上级行政机关申请行政复议。行政复议机关将对调整行为的合法性进行审查，并作出复议决定。
2. 提起行政诉讼：如果对行政复议决定不服，或者行政复议机关未在法定期限内作出复议决定，使用权人可以向人民法院提起行政诉讼。在行政诉讼过程中，人民法院将对调整行为的合法性进行司法审查，并作出判决。

四、其他注意事项

1. 保留证据：在处理此类问题时，使用权人应尽可能保留与土地调整相关的所有证据，包括但不限于土地使用权证、调整公告、听证记录、补偿协议等。这些证据将在后续的协商、调解或诉讼过程中发挥重要作用。
2. 咨询专业人士：由于土地法律问题涉及多个领域和复杂的法律关系，使用权人在处理此类问题时可以寻求专业律师或土地管理专家的帮助。他们可以提供专业的法律意见和解决方案，帮助使用权人更好地维护自己的合法权益。