农村集体经济组织法人登记证书的管理单位主要涉及到农村集体经济组织的相关法律法规及其执行机构。首先，我们要明确的是，农村集体经济组织在中国农村经济发展中扮演着重要角色，其法律地位、成员权益、职能职责等均受到法律的明确保护。

针对您提出的“农村集体经济组织法人登记证书属什么单位管理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

1. 法律法规依据：

   • 《中华人民共和国农村集体经济组织法》是专门规范农村集体经济组织的法律，该法对农村集体经济组织的法律地位、组织机构、财产经营管理等进行了明确规定。虽然该法并未直接提及法人登记证书的具体管理单位，但它为农村集体经济组织的管理提供了法律框架。

2. 管理单位的一般原则：

   • 通常情况下，农村集体经济组织的法人登记证书会由其所在地的县级或更高级别的农业农村部门（或相关行政管理部门，具体名称可能因地区而异）进行管理和颁发。这是因为农业农村部门是负责农村经济发展和农村集体经济组织管理的主要政府部门。

3. 实际操作中的管理流程：

   • 农村集体经济组织在成立或进行重要变更时，需要向当地的农业农村部门提交相关申请材料，包括组织章程、成员名单、经营计划等。
   • 农业农村部门在审核这些材料后，如果符合法律法规的要求，会颁发法人登记证书给该农村集体经济组织。
   • 此后，农村集体经济组织需要按照法律法规的要求进行运营和管理，并定期向农业农村部门报告其经营情况和财务状况。

4. 特殊情况下的管理：

   • 在某些地区，可能由于历史原因或特殊政策安排，农村集体经济组织的法人登记证书可能由其他部门（如民政部门、市场监管部门等）进行管理。但这种情况相对较少，且通常会有明确的政策文件或法律法规进行规定。

综上所述，农村集体经济组织法人登记证书一般由其所在地的县级或更高级别的农业农村部门（或相关行政管理部门）进行管理和颁发。但具体的管理单位可能因地区而异，建议您在办理相关手续时咨询当地的农业农村部门或相关行政管理部门以获取准确的信息。