个体工商户在单位管理上主要归属于市场监督管理部门进行管理。具体来说，根据《市场主体登记管理条例》的相关规定，个体工商户作为市场主体的一种，其登记管理工作由国务院市场监督管理部门主管全国范围内的相关事务，而县级以上地方人民政府的市场监督管理部门则负责本辖区内的具体管理工作。

市场监督管理部门在个体工商户的管理中扮演着重要角色，它们不仅负责个体工商户的设立登记、变更登记和注销登记等事务，还加强统筹指导和监督管理，确保个体工商户的经营活动符合法律法规的要求。此外，市场监督管理部门还致力于优化市场主体登记办理流程，提高登记效率，推行当场办结、一次办结、限时办结等制度，为个体工商户提供更加便捷高效的服务。

与个体工商户相比，企业在管理上虽然也涉及市场监督管理部门，但企业的组织结构、法律责任、税收征缴等方面与个体工商户存在显著差异。例如，企业具有完全独立的法人资格，与股东完全脱离，而个体工商户则是以人为中心，其责任承担跟随个体工商的注册人。在税收方面，企业需要缴纳企业所得税，而个体工商户则只需缴纳个人所得税。

综上所述，个体工商户在单位管理上主要归属于市场监督管理部门进行管理，这一管理涵盖了登记注册、监督管理以及提供便捷高效的服务等多个方面。