线索移送函一般应放在正卷中。以下是对此问题的详细分析：

1. 正卷与副卷的定义与区别：

   • 正卷：通常包含案件的主要材料，如起诉状、答辩状、证据材料、庭审笔录等，是案件审理和判决的主要依据。
   • 副卷：则可能包含一些辅助性材料，如内部审批文件、案件讨论记录等，这些材料一般不对外公开，主要用于法院内部管理和监督。

2. 线索移送函的性质与作用：

   • 线索移送函是司法机关之间或司法机关与其他部门之间，为了案件调查或审理的需要，而相互移送案件线索或相关材料的文件。
   • 它通常包含重要的案件信息，是案件审理过程中的关键材料之一。

3. 线索移送函应放在正卷的理由：

   • 重要性：线索移送函作为案件审理过程中的关键材料，其重要性不言而喻。将其放在正卷中，可以确保案件审理的完整性和连贯性。
   • 公开性：正卷中的材料一般是对外公开的（在符合法律规定的前提下），将线索移送函放在正卷中，可以便于相关当事人和律师查阅，了解案件进展和线索情况。
   • 管理便利性：将线索移送函等关键材料放在正卷中，也便于法院等司法机关进行案件管理和归档。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果线索移送函涉及敏感信息或需要保密的内容，且根据法院内部规定或相关法律法规，该类信息应放在副卷中，那么在这种情况下，线索移送函或其相关部分可能会被放在副卷中。但这种情况相对较少，且需要严格的审批和保密措施。

建议：在实际操作中，如果对线索移送函的归档位置有疑问，建议直接咨询负责案件审理的法院或相关司法机关，以确保归档的准确性和合规性。同时，如果你在处理类似案件时遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。