交通运输行政处罚案件集体讨论由交通执法大队自行讨论是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，集体讨论应遵循法定程序并确保公正性，仅由交通执法大队自行讨论可能存在合法性风险。以下从多个角度进行分析：
一、集体讨论的法定要求
在交通运输行政处罚案件中，集体讨论通常是为了确保处罚决定的公正性、合理性和合法性。根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关交通运输管理法规，对于重大、复杂或社会影响较大的行政处罚案件，行政机关应当进行集体讨论。集体讨论的目的在于通过集体智慧，对案件事实、证据、法律适用等进行全面审查，从而作出更为准确、公正的处罚决定。
二、交通执法大队自行讨论的合法性分析
程序合法性：
- 如果交通执法大队在自行讨论时，严格遵循了法定程序，如确保讨论成员的独立性、公正性，充分听取了各方意见，并对讨论过程进行了详细记录等，那么其自行讨论的行为在程序上可能是合法的。
- 然而，如果讨论过程缺乏透明度，或者讨论成员与案件存在利害关系而未回避，那么自行讨论的行为可能因程序违法而无效。
实体合法性：
- 实体合法性主要关注处罚决定是否基于充分的事实和法律依据。如果交通执法大队在自行讨论时，对案件事实进行了全面、客观的审查，并正确适用了相关法律法规，那么其作出的处罚决定在实体上可能是合法的。
- 但如果讨论过程中忽视了关键证据，或者错误适用了法律条款，那么处罚决定可能因实体违法而被撤销或变更。
公正性保障：
- 集体讨论的一个重要目的是确保处罚决定的公正性。如果交通执法大队自行讨论时，能够确保讨论成员的多样性和独立性，避免内部利益冲突，那么其讨论结果可能更具公正性。
- 但如果讨论过程受到内部干预或外部压力，导致讨论结果偏离了公正原则，那么自行讨论的行为可能因缺乏公正性而受到质疑。
三、建议与注意事项
遵循法定程序：
- 交通执法大队在进行集体讨论时，应严格遵循法定程序，确保讨论过程的透明度和公正性。
- 讨论成员应独立、公正地发表意见，避免受到内部或外部的不当影响。
充分听取意见：
- 在讨论过程中，应充分听取案件当事人的陈述和申辩，以及相关证据和法律依据。
- 确保讨论结果基于全面、客观的事实和法律依据。
记录与存档：
- 对讨论过程进行详细记录，包括讨论成员的意见、讨论结果等。
- 将讨论记录和相关材料存档备查，以备后续审查和监督。
寻求外部监督：
- 对于重大、复杂或社会影响较大的行政处罚案件，可以考虑邀请外部专家或律师参与讨论，以提供更为专业、客观的意见。
- 接受上级行政机关或司法机关的监督和审查，确保处罚决定的合法性和公正性。
如有具体案件或疑问，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更为详细、准确的法律意见。