申请劳动能力鉴定后，年终奖金的计算需结合具体情形判断，主要取决于单位规章制度、劳动合同约定以及劳动能力鉴定结果对工作的影响程度。具体分析如下：

1. 若单位规章制度或劳动合同明确约定年终奖的发放条件与劳动能力鉴定结果无关
   例如，规章制度规定“年终奖根据员工年度考核结果发放，与是否申请劳动能力鉴定无关”，或劳动合同明确约定“年终奖为固定金额，与劳动能力无关”。此时，员工申请劳动能力鉴定本身不影响年终奖的发放，单位应按约定全额支付。若单位以“申请鉴定”为由扣减年终奖，可能构成违法克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张权益。

2. 若单位规章制度或劳动合同将年终奖与劳动能力或出勤情况挂钩
   例如，规章制度规定“年终奖发放需满足全年出勤率≥90%”，或劳动合同约定“年终奖根据劳动能力鉴定结果调整”。此时需分情况讨论：

   • 若劳动能力鉴定导致员工无法满足出勤或工作要求：单位可根据规章制度或合同约定，按比例扣减年终奖。但需注意，扣减比例需合理，且单位需证明年终奖与劳动能力或出勤的直接关联性。
     
   • 若劳动能力鉴定未影响员工工作或出勤：单位不得以“申请鉴定”为由扣减年终奖。例如，员工虽申请鉴定，但实际出勤和工作表现未受影响，单位仍需全额支付。

3. 若单位无明确规定，但劳动能力鉴定导致员工无法完成工作任务
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度。若单位未明确年终奖发放规则，但劳动能力鉴定导致员工无法完成年度工作任务（如因伤残无法从事原岗位工作），单位可参考同岗位员工年终奖发放情况，按比例支付或协商解决。但需避免歧视性对待，否则可能涉及《劳动法》第四十六条规定的“同工同酬”原则。

建议行动：

• 核查单位规章制度及劳动合同中关于年终奖的条款；
  
• 收集劳动能力鉴定结果对工作影响的证据（如医疗证明、出勤记录等）；
  
• 若单位扣减年终奖无合理依据，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。