公司使用无证电瓶三轮车让员工在两个厂之间运货，这一行为是违法的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 车辆管理法规角度：

   • 根据相关法律法规，机动车辆上路必须持有有效的行驶证、驾驶证等证件，并符合相关的安全技术标准。电瓶三轮车，如果被认定为机动车（这通常取决于其设计速度、质量等参数），则必须遵守这些规定。
   • 如果电瓶三轮车未取得合法证件或不符合安全技术标准，公司使用其进行货物运输，就违反了车辆管理法规，可能面临交通管理部门的处罚，如罚款、扣车等。

2. 劳动安全角度：

   • 公司有义务为员工提供安全的工作环境。使用无证电瓶三轮车进行货物运输，可能存在安全隐患，如车辆性能不稳定、制动系统不可靠等，这些都可能增加员工在工作过程中发生事故的风险。
   • 如果因使用无证车辆导致员工受伤，公司可能需要承担工伤赔偿责任，包括医疗费、伤残补助金等。

3. 法律责任角度：

   • 公司使用无证车辆进行货物运输，不仅可能面临交通管理部门的行政处罚，还可能因违反安全生产法规而受到更严厉的处罚。
   • 在极端情况下，如果因使用无证车辆导致严重事故，公司相关责任人甚至可能面临刑事责任的追究。

建议：

• 公司应立即停止使用无证电瓶三轮车进行货物运输，转而使用合法、安全的运输工具。
• 如果公司确实需要使用电瓶三轮车进行短途运输，应确保车辆符合相关法规要求，并办理好所有必要的证件和手续。
• 公司应加强对员工的安全教育，提高员工的安全意识，确保员工在工作过程中遵守所有安全规定。

如果您或您的公司在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。