同一集团的两个独立核算、独立运营的全资子公司分别作为招标方和投标方，在法律上并不直接被禁止，但需满足一系列条件并谨慎操作，以避免潜在的法律风险和合规问题。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 法律合规性角度

• 一般原则：在招投标活动中，通常要求招标方和投标方保持独立性，以确保公平竞争。然而，同一集团下的两个全资子公司，虽然独立核算和运营，但它们之间存在关联关系。这种关联关系本身并不直接导致招投标活动违法，但需确保招投标过程的公正性和透明度。
• 具体规定：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，招投标活动应遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。若两个子公司之间的招投标活动能够满足这些原则，且没有违反其他具体规定（如串通投标、利益输送等），则可能是合法的。

2. 潜在风险角度

• 串通投标风险：由于两个子公司同属一个集团，存在潜在的串通投标风险。串通投标不仅违反了招投标法的原则，还可能构成犯罪（如串通投标罪）。因此，必须采取严格措施防止任何形式的串通行为。
• 利益冲突风险：两个子公司之间的招投标活动可能引发利益冲突问题。例如，一个子公司可能为了另一个子公司的利益而牺牲自身利益，或者通过不正当手段影响招投标结果。这种利益冲突可能损害集团整体利益或第三方利益。

3. 操作建议角度

• 完善内部治理结构：集团应建立健全内部治理结构，明确两个子公司的职责和权限，确保它们在招投标活动中保持独立性。同时，应建立有效的监督机制，防止任何形式的违规行为。
• 加强合规培训：对参与招投标活动的员工进行合规培训，提高他们的法律意识和合规意识。确保他们了解招投标法的相关规定和集团内部的规章制度，并严格遵守。
• 透明化操作：在招投标过程中，应确保所有信息的公开透明。包括招标公告、投标文件、评标结果等关键信息都应及时、准确地公布给所有相关方。这有助于增强招投标活动的公正性和可信度。
• 寻求专业法律意见：在进行涉及关联关系的招投标活动时，建议寻求专业法律意见。律师可以根据具体情况分析潜在的法律风险，并提供合规建议。这有助于降低法律风险并确保招投标活动的合法性。

4. 特殊情况考虑

• 如果招投标项目涉及国家安全、国家秘密或抢险救灾等特殊情况，可能需要根据相关法律法规进行特殊处理。在这种情况下，即使两个子公司之间存在关联关系，也可能需要按照特定程序进行招投标活动。

总结与建议：同一集团的两个独立核算、独立运营的全资子公司分别作为招标方和投标方，在法律上并不直接被禁止。但为了避免潜在的法律风险和合规问题，必须确保招投标过程的公正性和透明度，并采取严格措施防止串通投标和利益冲突等行为。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。