结论：孩子被撞后不在了，签的协议过了三年是否还可以起诉，这主要取决于协议的性质以及是否超过了法律规定的诉讼时效期间。以下从不同角度进行分析：
一、协议性质与诉讼时效
赔偿协议：如果双方签订的是关于孩子被撞后赔偿的协议，且该协议具有民事合同性质，那么一般来说，此类协议的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但这里有一个特殊情况，即如果协议中约定的履行期限尚未届满，那么诉讼时效期间应从履行期限届满之日起计算。不过，若协议已经明确约定了赔偿金额和支付方式，且没有履行期限的约定，那么诉讼时效可能从协议签订之日起计算。但如果自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
和解协议：如果双方签订的是和解协议，且该协议涉及对孩子被撞事件的最终处理，包括赔偿、道歉等事项，那么该协议同样具有民事合同性质。诉讼时效的计算方式与赔偿协议类似，但同样需要注意二十年的最长保护期限。
二、诉讼时效的中断与中止
诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等）导致诉讼时效中断，那么从中断时起，诉讼时效期间重新计算。因此，如果在这三年期间内，有上述法定事由发生，那么诉讼时效可能并未过期。
诉讼时效中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因法定事由（如不可抗力、权利人丧失民事行为能力且无法定代理人等）导致权利人不能行使请求权，那么诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。因此，如果在这三年期间的最后六个月内，有上述法定事由发生，且该事由持续至诉讼时效期间届满前六个月之后，那么诉讼时效可能因中止而延长。
三、实际操作建议
审查协议内容：首先，需要仔细审查双方签订的协议内容，确定协议的性质、赔偿金额、支付方式以及履行期限等关键信息。
评估诉讼时效：根据协议内容和相关法律规定，评估诉讼时效是否已经过期。如果已经过期，但存在诉讼时效中断或中止的法定事由，那么可以收集相关证据，尝试提起诉讼。
咨询专业律师：由于诉讼时效的计算和评估涉及复杂的法律问题，因此建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。我可以根据你的具体情况，为你提供详细的法律分析和诉讼策略。
最后，孩子被撞后不在了是一件非常令人痛心的事情，我理解你现在可能处于非常痛苦和困惑的状态。但请相信，法律会为你提供应有的保护和支持。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。