结论：挂靠公司在未与挂靠人明确沟通的情况下，让挂靠人补签挂靠协议，法律上是否认可，这取决于补签协议的具体情况，包括补签的时间、内容、双方的真实意愿以及是否存在欺诈、胁迫等因素。以下从不同角度进行分析：
补签协议的时间与内容：
- 如果补签的协议内容与实际挂靠行为一致，且补签时间是在挂靠行为发生后不久，双方对协议内容无异议，那么这份补签的协议在法律上通常是会被认可的。因为它反映了双方的真实意愿，且没有违反法律法规的强制性规定。
- 如果补签的协议内容与实际挂靠行为存在显著差异，或者补签时间距离挂靠行为发生时间过长，且无法合理解释这种延迟，那么这份补签的协议可能会引发争议，甚至可能被认定为无效。
双方的真实意愿：
- 法律认可合同的关键在于双方的真实意愿。如果挂靠人在补签协议时是在被欺诈、胁迫或者不了解协议真实内容的情况下签署的，那么这份协议可能不是其真实意愿的体现，法律上可能不会认可。
- 相反，如果挂靠人在补签协议时是自愿的，且对协议内容有充分的理解，那么这份协议在法律上就是有效的。
是否存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果挂靠公司通过欺诈、胁迫等手段迫使挂靠人补签协议，那么这份协议在法律上是无效的。因为欺诈、胁迫等行为违反了法律的基本原则，损害了挂靠人的合法权益。
- 在这种情况下，挂靠人可以向法院提起诉讼，要求撤销这份补签的协议，并可能要求挂靠公司承担相应的法律责任。
法律建议：
- 对于挂靠公司而言，应当在挂靠行为发生前或发生时与挂靠人明确签订挂靠协议，以避免后续的争议和法律风险。如果确实需要补签协议，应当确保补签协议的内容与实际挂靠行为一致，且得到挂靠人的明确同意。
- 对于挂靠人而言，在补签协议前应当仔细阅读协议内容，确保自己理解并同意协议中的各项条款。如果存在疑问或不确定的地方，应当及时向挂靠公司咨询或寻求法律帮助。如果认为补签协议存在欺诈、胁迫等情形，应当拒绝签署并及时向相关部门投诉或寻求法律救济。
可能的法律后果：
- 如果补签的协议被认定为有效，那么双方应当按照协议内容履行各自的义务。如果一方违反协议约定，另一方有权要求其承担违约责任。
- 如果补签的协议被认定为无效或可撤销，那么双方之间的权利义务关系将按照实际挂靠行为来确定。如果因此给挂靠人造成损失的，挂靠公司可能需要承担相应的赔偿责任。
总之，挂靠公司在未与挂靠人明确沟通的情况下让挂靠人补签挂靠协议的法律认可度取决于多种因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。