关于“评标费代理公司包干是否合法”的问题，结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若包干费用包含在代理合同明确约定的服务范围内，且不违反法律法规强制性规定，则合法
   根据《民法典》第九百二十八条，受托人完成委托事务的，委托人应当按照约定向其支付报酬。若招标代理合同中明确约定“包干评标费”（即代理公司负责评标环节的全部费用，包括专家费、场地费等），且该约定不违反《招标投标法》《政府采购法》中关于招标程序、费用承担的强制性规定（如不得向投标人收取评标费），则该约定合法有效。
   举例：某企业委托代理公司组织招标，合同约定“代理费包含评标专家费、场地租赁费等全部费用”，代理公司实际支出后按合同结算，此情形合法。

2. 若包干费用违反法律法规强制性规定，则不合法

   • 违反费用承担主体规定：根据《招标投标法实施条例》第四十五条，评标专家费用应由招标人支付。若代理合同约定由投标人承担评标费（即使以“包干”形式转嫁），则违反该规定，约定无效。
     
   • 违反政府采购程序：在政府采购项目中，若代理公司通过“包干”名义虚增费用、套取财政资金，可能涉嫌违反《政府采购法》第七十二条（“采取不正当手段获取政府采购代理业务”），需承担行政责任甚至刑事责任。
     举例：某代理公司以“包干评标费”名义向投标人收取额外费用，实际未用于评标支出，此行为违法。

3. 若包干费用约定不明，可能引发纠纷
   若合同未明确“包干”的具体范围（如是否包含专家差旅费、突发费用等），双方可能对费用承担产生争议。此时需根据《民法典》第五百一十条（合同补充约定）或第五百一十一条（按交易习惯确定）处理，但可能增加诉讼风险。

法律建议：

• 招标人/采购人：在签订代理合同时，应明确“包干”的具体费用项目、支付方式及违约责任，避免模糊条款；同时确保费用承担符合《招标投标法》《政府采购法》规定。
  
• 代理公司：需保留评标费用支出的合法凭证（如专家费发票、场地租赁合同等），以证明费用合理性；若涉及政府采购项目，需严格遵守财政资金使用规定。
  
• 争议解决：若发生纠纷，可依据合同约定向仲裁机构申请仲裁或向法院起诉，主张违约责任或要求确认条款无效。

进一步思考：若您遇到的具体情形涉及政府采购、国有企业招标等特殊领域，或合同中存在“包干费与招标结果挂钩”等异常条款，可能涉及更复杂的法律风险，建议提供详细信息后进一步分析。