结论前置：在您分居三年一直未探望两个女儿但有给付抚养费的情况下，离婚时法院的判决会综合考虑多方面因素，包括但不限于孩子的年龄、成长环境、双方的经济状况、抚养能力以及孩子的意愿等，来决定孩子的抚养权归属以及抚养费的调整等问题。以下是对此问题的详细分析：

1. 抚养权归属的判定：

   • 孩子年龄与成长环境：法院在判决抚养权时，会优先考虑孩子的年龄和成长环境。如果孩子年龄较小，法院可能会倾向于将抚养权判给能够提供更稳定、更有利于孩子成长环境的一方。同时，法院也会考虑孩子长期以来的生活环境，尽量保持其生活的连续性。
   • 双方经济状况与抚养能力：法院会评估双方的经济状况，包括收入、财产状况等，以及各自的抚养能力，如教育背景、健康状况、时间投入等。这些因素都会影响法院对抚养权归属的判断。
   • 孩子意愿：如果孩子已经达到一定的年龄和认知能力，法院在判决时也会考虑孩子的意愿。孩子愿意与哪一方生活，会成为法院判决的重要参考。
   • 您的探望情况：虽然您一直有给付抚养费，但长期未探望孩子可能会对法院的判决产生一定影响。法院可能会认为您在情感陪伴方面有所缺失，从而在判决抚养权时予以考虑。

2. 抚养费的调整：

   • 当前抚养费情况：您已经支付了抚养费，这是履行抚养义务的一种方式。然而，法院在判决离婚时，可能会根据双方的经济状况、孩子的实际需要以及当地的生活水平等因素，对抚养费进行调整。
   • 未来抚养费支付：无论抚养权归哪一方，您作为父母都有义务继续支付抚养费，以确保孩子的生活和教育需要得到满足。法院可能会根据具体情况，确定您未来应支付的抚养费金额和支付方式。

3. 其他可能的影响因素：

   • 双方协商：在离婚过程中，双方可以通过协商来解决抚养权和抚养费等问题。如果双方能够达成一致意见，法院通常会尊重双方的协商结果。
   • 法院调解：如果双方无法达成一致意见，法院可能会进行调解，试图促使双方达成和解。调解成功后，法院会制作调解书，明确双方的权利和义务。
   • 法院判决：如果调解不成，法院将根据相关法律法规和案件具体情况，作出判决。判决结果将具有法律效力，双方必须履行。

建议：

• 在离婚过程中，建议您积极与对方沟通，尝试通过协商或调解来解决抚养权和抚养费等问题，以减少对孩子的伤害和影响。
• 如果无法达成一致意见，建议您及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。

后续行动：如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。