关于您提出的“分居一年第二次起诉离婚是否会判离以及两个孩子怎么判抚养权”的问题，我将结合相关法律知识为您详细解答。

一、关于分居一年第二次起诉离婚是否会判离

首先，需要明确的是，分居时间的长短并不是决定离婚判决的唯一因素。虽然《民法典》规定，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚，但这并不意味着分居不满二年就一定不能离婚。法院在判决离婚时，会综合考虑夫妻双方的感情状况、婚姻基础、婚后感情、离婚原因、夫妻关系的现状以及有无和好的可能等多方面因素。

如果您已经分居一年，并且这是您第二次起诉离婚，这通常表明您与配偶之间的感情已经出现了严重问题，且经过一次诉讼后仍未得到改善。在这种情况下，如果法院认为夫妻感情确已破裂，调解无效，那么是有可能判决离婚的。但具体结果还需根据案件的具体情况和法院的判断来确定。

二、关于两个孩子的抚养权判决

在离婚案件中，孩子抚养权的判决是一个综合考量多方面因素的复杂过程，其核心原则在于保障孩子的最大利益。对于两个孩子的抚养权判决，法院通常会考虑以下因素：

1. 孩子的年龄：

   • 如果孩子都不满两周岁，原则上会判给母亲直接抚养，因为此阶段孩子更依赖母亲的照顾。
   • 如果孩子已满两周岁，法院会根据最有利于未成年子女的原则进行判决。
   • 如果孩子已满八周岁，法院会尊重其真实意愿，并结合其他因素进行综合判断。

2. 父母的抚养能力和条件：

   • 法院会考虑父母双方的经济状况、居住条件、陪伴时间和意愿、生活习惯和环境稳定性、品德和教育背景等因素。
   • 经济条件优越、居住条件良好、能更多时间陪伴孩子、具有良好品德和较高教育水平的一方，在争取抚养权时可能更有优势。

3. 分居期间的抚养责任：

   • 如果在分居期间，您或您的配偶承担了主要抚养责任，这也会成为法院判决抚养权时的重要参考因素。

4. 其他特殊情况：

   • 如父母一方的生育能力、是否还有其他子女、是否做过绝育手术等特殊情况，也可能影响抚养权的判决。

三、具体建议

1. 收集证据：在起诉离婚前，建议您收集相关证据来证明夫妻感情确已破裂，以及您具备抚养孩子的能力和条件。这些证据可以包括分居协议、聊天记录、照片、视频、证人证言等。

2. 咨询专业律师：由于离婚案件涉及法律程序和专业知识，建议您咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。律师可以帮助您分析案件情况、制定诉讼策略，并代表您出庭应诉。

3. 关注孩子成长：在离婚过程中，无论抚养权最终判给哪一方，都应关注孩子的成长和心理健康。尽量减少离婚对孩子的影响，保持与孩子的良好沟通和关系。

综上所述，分居一年第二次起诉离婚是否会判离以及两个孩子的抚养权判决，都需要根据案件的具体情况和法院的判断来确定。建议您积极收集证据、咨询专业律师，并关注孩子的成长和心理健康。