公司与公司之间的往来款是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、基于正常经营业务的往来款
合法性基础：
- 如果公司之间的往来款是基于真实的交易活动，如提供原材料、产品或服务，并因此产生的货款支付、服务费用结算等，这属于正常的商业交易行为，是合法合规的。
- 例如，A公司向B公司销售了一批货物，B公司按照合同约定支付了货款，这种往来款就是合法的。
合同与手续：
- 双方应签订详细的合同，明确交易内容、金额、支付方式、支付时间等关键条款。
- 保留好相关的交易凭证，如发票、收据、转账记录等，以备不时之需。
二、基于资金拆借或借款的往来款
合法性条件：
- 公司之间出于企业整体运营和发展需要，进行资金拆借或借款等活动，只要符合相关法律法规和公司章程的规定，并签订规范的借款合同，明确借款金额、用途、期限、利率等条款，也是合法的。
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同，除存在《民法典》规定的无效情形外，人民法院应予支持。
限制与要求：
- 借款的利率不得违反国家有关限制借款利率的规定。双方约定的利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，超出部分的利息约定无效。
- 借款行为不能扰乱金融秩序，不得违反国家规定办理借贷或变相借贷融资业务。例如，不能以借贷名义向社会公众发放贷款。
- 根据地区或行业监管要求，某些借贷行为可能需要履行特定的审批程序或备案手续，需按相关规定执行。
三、关联公司之间的往来款
合法情况：
- 关联公司之间因真实的交易活动或合理的资金支持产生的往来款，只要符合相关法律法规、公司章程及税务规定，且基于真实交易和合理目的，就是合法的。
- 例如，企业集团内单位之间的资金无偿借贷行为在一定期限内免征增值税，但需确保企业所得税等税费的合规缴纳。
违法风险：
- 如果关联公司之间的往来款存在操纵财务报表、非法转移资产、逃避税收或违反上市规则等情形，则可能构成违法。
- 例如，通过虚构资金往来、不合理的交易安排等手段调整利润、粉饰财务报表，以误导投资者、债权人等利益相关者，就违反了相关法律法规对财务信息真实性的要求。
四、建议与注意事项
完善内部管理制度：
- 公司应建立健全内部管理制度，明确往来款的审批流程、信息披露要求及违规责任等，确保资金往来的合法性和合规性。
保留相关证据：
- 在进行资金往来时，应妥善保留借款合同、转账记录、交易凭证等相关证据，以备不时之需。
加强法律与税务培训：
- 公司应定期对相关人员进行法律和税务培训，提高其对往来款合法性及税务合规性的认识和操作能力。
寻求专业帮助：
- 如果您对公司之间的往来款存在疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，公司与公司之间的往来款是否合法，需根据具体情况来判断。只要符合相关法律法规、公司章程及税务规定，且基于真实交易和合理目的，就是合法的。但务必注意避免操纵财务报表、非法转移资产、逃避税收或违反上市规则等违法情形。