是否可以将工程中中标公司的隐形合作方起诉，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同相对性原则

在建设工程领域，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。如果中标公司与隐形合作方之间没有直接的合同关系，且您并非该合同的当事人，那么从合同相对性的角度出发，您可能无法直接起诉隐形合作方。

二、实际施工人权益保护

然而，在建设工程实践中，存在实际施工人（如包工头、施工队伍等）与中标公司或发包人之间并未签订书面合同，但实际进行了施工的情况。如果您属于实际施工人，且能够证明与中标公司或隐形合作方之间存在事实上的合同关系（如通过施工记录、付款凭证、证人证言等证据），那么您可能有权依据相关法律法规（如《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等）向中标公司或隐形合作方主张权利，包括起诉要求支付工程款等。

三、共同侵权或连带责任

如果中标公司与隐形合作方之间存在共同侵权行为（如共同欺诈、串通投标等），或者隐形合作方作为中标公司的关联方、实际控制人等，对中标公司的违约行为或侵权行为负有连带责任，那么您可能有权将中标公司和隐形合作方作为共同被告提起诉讼，要求他们承担连带责任。

四、建议与措施

1. 收集证据：无论您选择哪种途径，都需要收集充分的证据来支持您的主张。这包括但不限于合同、施工记录、付款凭证、证人证言、鉴定报告等。
2. 咨询专业律师：由于建设工程领域的法律关系复杂，且涉及大量专业知识和实践经验，因此建议您在采取行动前咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况，为您提供针对性的法律建议和诉讼策略。
3. 考虑和解或调解：在提起诉讼前，您也可以考虑与中标公司或隐形合作方进行和解或调解。这有助于节省时间和成本，并可能达成对您更有利的解决方案。

总结来说，是否可以将工程中中标公司的隐形合作方起诉，取决于您与隐形合作方之间的法律关系、证据情况以及相关法律法规的规定。如果您认为自己的权益受到了侵害，且符合上述某种情况，那么您有权考虑通过法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。