结论：没有房权证，只有拆迁补偿协议的情况下，公证遗嘱在符合法律规定的情况下仍然有效。但为确保遗嘱的有效执行和避免后续纠纷，遗嘱内容需详细明确，并建议在可能的情况下进行公证（尽管公证并非遗嘱有效的必要条件，但能增强其法律效力）。
遗嘱有效的条件
遗嘱人具有完全民事行为能力：
- 遗嘱人在订立遗嘱时，必须年满18周岁且精神健康，能够正确认识自己行为的性质和后果，独立表达自己的真实意愿。这是遗嘱有效的基本前提。
遗嘱内容是遗嘱人的真实意思表示：
- 遗嘱必须是遗嘱人自愿、无欺诈或胁迫等不正当影响下作出的，表达了对拆迁安置房分配的真实想法。如果遗嘱内容受到外界不当干扰，可能影响其有效性。
遗嘱内容合法：
- 遗嘱内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家、集体和他人的合法权益。即使拆迁安置房没有房产证，但只要遗嘱人能通过合法的拆迁安置协议等证明其对该房屋享有权益，处分该房屋的遗嘱内容即为合法。拆迁补偿协议作为证明遗嘱人权益的重要文件，在遗嘱内容合法性的判断中起着关键作用。
遗嘱形式符合法律规定：
- 遗嘱的形式多样，包括自书遗嘱、代书遗嘱、打印遗嘱、录音录像遗嘱、口头遗嘱和公证遗嘱等。每种形式都有其特定的要求，如自书遗嘱需由遗嘱人亲笔书写、签名，并注明年、月、日；公证遗嘱则需由遗嘱人经公证机构办理，具有最高的法律效力。在只有拆迁补偿协议没有房权证的情况下，选择适合的遗嘱形式并确保其符合法律规定，是保障遗嘱有效性的关键。
遗嘱可能面临的挑战与解决方案
房屋产权存在争议：
- 如果拆迁安置房的产权归属不明确或有纠纷，遗嘱可能无法有效执行。因此，在立遗嘱前，应尽可能明确产权归属，如通过法律途径确认产权或与相关方协商达成一致。
违反拆迁政策或相关规定：
- 遗嘱内容若违反拆迁安置政策或相关法律法规，可能会影响其效力和执行。遗嘱人在立遗嘱时，应确保内容符合相关政策法规，避免因此产生不必要的法律风险。
未取得房产证：
- 虽然没有房产证的拆迁安置房可以立遗嘱，但在实际继承时可能会遇到障碍。遗嘱继承人应关注房产证的办理情况，并在需要时提供遗嘱等相关证明材料，以顺利完成继承手续。
建议
详细明确的遗嘱内容：遗嘱中应详细说明房产的归属、居住权、所有权等事项，以避免后续纠纷。例如，可以明确指定房产由哪个继承人继承，以及继承后如何处理房产等。
公证遗嘱：尽管公证并非遗嘱有效的必要条件，但公证遗嘱具有最高的法律效力，能够增强遗嘱的可信度和执行力。在可能的情况下，建议遗嘱人进行公证，以更好地保障自己的权益。
关注房产证办理：遗嘱继承人应密切关注房产证的办理情况，及时了解办理进度和所需材料。在必要时，可以寻求法律帮助，以确保自己的继承权益得到保障。
作为南辉律师，我提醒您，在处理涉及拆迁安置房的遗嘱问题时，务必谨慎对待，确保遗嘱的合法性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。