征管法64条第二款主要适用于纳税人未按照规定设置、保管账簿或者保管记账凭证和有关资料，以及未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查的情形。以下是对该条款适用范围的详细分析：
未按照规定设置、保管账簿或相关资料的情形：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条第二款的规定，如果纳税人未按照税收法律法规的要求设置账簿，或者虽然设置了账簿但保管不善导致账簿丢失、损毁，以及未妥善保管记账凭证和有关资料，使得税务机关无法有效进行税务检查和监督，那么税务机关将有权责令纳税人限期改正，并可能处以罚款。
- 举例来说，某企业未按照规定设置完整的账簿体系，或者将账簿随意放置导致部分账页丢失，这些行为都可能触发该条款的适用。
未按照规定报送财务、会计制度或备查资料的情形：
- 同样根据该条款，纳税人还有义务将其财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查。这是为了确保税务机关能够了解纳税人的财务状况和会计核算方法，从而进行有效的税务管理和监督。
- 如果纳税人未按照规定报送这些资料，或者报送的资料不真实、不完整，税务机关同样有权责令其限期改正，并可能处以罚款。例如，某企业未将其新采用的会计核算软件报送税务机关备查，或者报送的软件版本与实际使用的不一致，这些行为都可能构成违规。
法律后果与建议：
- 对于违反征管法64条第二款规定的纳税人，税务机关将责令其限期改正，并可能处以二千元以下的罚款；情节严重的，罚款金额可能提高至二千元以上一万元以下。
- 为了避免不必要的法律风险和罚款，纳税人应严格按照税收法律法规的要求设置和保管账簿、记账凭证和有关资料，并及时、准确地向税务机关报送财务、会计制度或备查资料。
- 如果纳税人对相关法规或操作流程存在疑问，建议及时咨询专业律师或税务机关，以确保合规经营。
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