员工在签署电子合同时选择系统自动生成的印章签名，在符合一定条件下是具有法律效力的。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与依据

根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子签名是指数据电文中以电子形式所含、所附用于识别签名人身份并表明签名人认可其中内容的数据。可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。而可靠的电子签名需要满足以下条件：

1. 电子签名制作数据用于电子签名时，属于电子签名人专有：这意味着系统自动生成的印章签名应当是专属于该员工的，不能被他人轻易获取或使用。
2. 签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制：员工在签署电子合同时，应确保其使用的电子签名制作数据（如密码、指纹等）仅由自己控制，防止被他人冒用。
3. 签署后对电子签名的任何改动能够被发现：电子合同系统应具备相应的技术手段，确保签署后的电子签名无法被篡改或伪造，且任何改动都能被及时发现。
4. 签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现：同样，电子合同的内容也应受到保护，防止被篡改或伪造。

实际应用中的考量

1. 系统安全性：员工使用的电子合同系统应具备高度的安全性，包括数据加密、身份验证、访问控制等措施，以确保电子签名的真实性和可靠性。
2. 员工意愿与知情权：员工在签署电子合同时，应明确知晓并同意使用系统自动生成的印章签名，且该签名应代表其真实意愿。
3. 合同内容的合法性：除了电子签名的有效性外，电子合同的内容也应符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害他人合法权益。

可能的法律后果

1. 若电子签名有效：则电子合同具有法律效力，双方应按照合同约定履行各自的义务。若一方违约，另一方有权依法追究其违约责任。
2. 若电子签名无效：则电子合同可能被视为未签署或无效合同，双方之间的权利义务关系可能无法得到法律保障。此时，若因电子签名无效导致损失，相关责任方可能需要承担赔偿责任。

建议与注意事项

1. 选择可靠的电子合同系统：员工在签署电子合同时，应选择具备高度安全性和可靠性的电子合同系统，以确保电子签名的真实性和有效性。
2. 仔细阅读合同条款：在签署电子合同前，员工应仔细阅读合同条款，确保自己完全理解并同意合同内容。
3. 保留相关证据：员工在签署电子合同后，应妥善保留相关证据（如电子签名记录、合同文本等），以备不时之需。

如果你在签署电子合同过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。