自建电子签章系统签署的文件是否具有法律效力，这个问题涉及到电子签名的法律效力以及相关法律法规的规定。

首先，根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子签名在符合一定条件时被视为可靠的电子签名，与手写签名或盖章具有同等的法律效力。这些条件包括电子签名制作数据在签名时属于电子签名人专有、签署时仅由电子签名人控制、签署后对电子签名的任何改动能够被发现，以及签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现。

其次，对于电子印章（电子签章）的使用，它是基于可信密码技术生成的身份标识，通常以电子数据图形的形式表现，用于签署电子文件。根据相关法律和规定，符合法律规定的可靠电子签名、电子签章与实物印章盖章或手写签名具有同等法律效力。这意味着，如果自建的电子签章系统能够满足相关法律法规对于可靠电子签名的要求，那么通过该系统签署的文件就具有法律效力。

此外，还需要注意的是，虽然电子签名和电子印章在法律上具有与手写签名和实物印章同等的效力，但在实际应用中，仍需确保电子签章系统的安全性、可靠性和合规性。例如，系统应确保电子印章的制作、存储、使用和管理过程符合相关法律法规和行业标准的要求，以防止电子印章被滥用或篡改。

综上所述，自建电子签章系统签署的文件在符合相关法律法规和行业标准的要求下，是具有法律效力的。但为了确保文件的合法性和有效性，建议在签署前仔细了解相关法律法规和行业标准的要求，并选择可信赖的电子签章系统和服务提供商。