结论：劳务派遣劳动者由用工单位支付工资，用人单位抽取提成的行为是否合法，需根据具体情况判断，若用人单位与用工单位、劳动者三方有明确约定且不违反法律法规强制性规定，则合法；若无约定或违反规定，则不合法。
分析说明：
有明确约定且合法的情况：
- 在劳务派遣关系中，用人单位（劳务派遣公司）与用工单位（实际使用劳动者的单位）之间会签订劳务派遣协议，明确双方的权利和义务。
- 如果劳务派遣协议中明确约定了用人单位可以从用工单位支付的工资中抽取一定比例作为管理费或提成，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、社会保险缴纳等），同时劳动者也对此表示同意或知晓并接受，那么这种抽取提成的行为是合法的。
无明确约定或违法的情况：
- 如果劳务派遣协议中没有明确约定用人单位可以抽取提成，或者约定不明确，那么用人单位擅自抽取提成的行为就可能构成违法。
- 此外，即使协议中有约定，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准支付工资、未依法缴纳社会保险等），那么这种约定也是无效的，用人单位因此抽取提成的行为同样不合法。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。
- 同时，劳务派遣单位跨地区派遣劳动者的，被派遣劳动者享有的劳动报酬和劳动条件，按照用工单位所在地的标准执行。
- 这些规定旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者能够获得合理的劳动报酬和享受相应的劳动条件。
建议与后果：
- 对于劳动者：如果发现用人单位擅自抽取提成或违反法律法规支付工资，应及时与用人单位和用工单位沟通协商，要求纠正违法行为并补发工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位和用工单位：应严格遵守法律法规和劳务派遣协议的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。擅自抽取提成或违反法律法规支付工资的行为不仅可能面临法律制裁，还可能损害企业的声誉和形象，影响企业的长期发展。
特殊场景：
- 如果劳务派遣协议中虽然约定了用人单位可以抽取提成，但该提成比例过高或计算方式不合理，导致劳动者实际获得的工资低于最低工资标准或明显不合理，那么这种约定也可能被认定为无效或部分无效。在这种情况下，劳动者同样有权要求用人单位和用工单位纠正违法行为并补发工资。
行动指南：
- 在签订劳务派遣协议时，应明确约定工资支付方式、提成比例（如有）等关键条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。
- 劳动者在入职前应仔细阅读劳务派遣协议和劳动合同，了解自己的权利和义务，确保自己的合法权益得到保障。
- 如遇用人单位擅自抽取提成或违反法律法规支付工资的情况，应及时采取措施维护自己的合法权益。
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