针对公司三个股东中一个股东对占股有异议的情况，首先明确结论：股东对占股有异议，应通过合法途径解决，包括协商、查阅公司章程和股东名册、寻求法律救济等。以下是对此问题的详细分析：

一、协商解决

1. 沟通协商：股东之间应首先尝试通过友好沟通协商解决占股异议。这有助于维护股东之间的关系，避免不必要的法律纠纷。在协商过程中，股东可以就各自的出资额、股权比例、公司章程中的相关规定等进行充分讨论，寻求共识。

二、查阅公司章程和股东名册

1. 公司章程：公司章程是公司设立和运营的基本法律文件，其中通常规定了股东的出资额、股权比例、股东权利和义务等关键信息。股东对占股有异议时，应首先查阅公司章程，确认自己的股权比例和权益。
2. 股东名册：股东名册是公司记录股东姓名、出资额、股权比例等信息的法律文件。股东有权查阅股东名册，以确认自己的股权状态。如果发现股东名册中的记录与实际情况不符，股东可以要求公司进行更正。

三、法律救济途径

1. 提起诉讼：如果协商无果，且股东认为自己的股权比例被错误登记或侵犯，可以向人民法院提起诉讼，要求确认自己的股权比例或纠正错误的登记。在诉讼过程中，股东需要提供充分的证据证明自己的出资额和应享有的股权比例。
2. 申请仲裁：如果公司章程或股东之间签订了仲裁协议，股东也可以选择向仲裁机构申请仲裁解决占股异议。仲裁结果具有法律效力，且通常比诉讼程序更为快捷。

四、特殊情况处理

1. 隐名股东问题：如果异议股东是隐名股东（即实际出资但未在公司章程或股东名册中登记为股东的人），其股权确认可能更为复杂。隐名股东需要提供充分的证据证明自己的实际出资和与显名股东之间的代持关系，才能主张自己的股权。
2. 股权转让纠纷：如果占股异议是由于股权转让引起的，股东可以依据《公司法》和股权转让协议的相关规定，要求确认股权转让的效力或撤销股权转让。

五、建议与注意事项

1. 保留证据：股东在处理占股异议时，应保留好所有与出资、股权比例相关的证据，如出资凭证、公司章程、股东名册、股权转让协议等。
2. 及时行动：一旦发现占股有异议，股东应及时采取行动，避免超过法律规定的诉讼时效或仲裁时效。
3. 寻求专业帮助：由于股权纠纷涉及复杂的法律问题和证据收集，股东在处理占股异议时，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。

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