社集体未经合法程序将土地中的石头打碎填土变为耕地的行为，可能不合法，具体需分情况讨论：

1. 土地性质与规划方面：

   • 如果该土地原本属于农用地，且按照土地利用总体规划，其用途并未允许进行这样的改造（比如原本是林地、草地等，规划中未明确可转为耕地），那么社集体的这种行为就违反了土地利用总体规划，属于违法行为。根据《土地管理法》相关规定，国家实行土地用途管制制度，使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。
   • 若该土地原本是未利用地，社集体想要将其改造为耕地，需要依法办理相关的审批手续。未经批准擅自进行改造，同样是不合法的。

2. 环境影响与生态保护方面：

   • 打碎石头填土的行为可能会对当地的生态环境造成影响，比如破坏土壤结构、影响水土保持、对周边生物多样性造成损害等。如果这种行为违反了环境保护相关的法律法规，比如《环境保护法》、《水土保持法》等，那么也是不合法的。
   • 特别是如果该土地位于生态保护红线区域内，或者属于自然保护区、风景名胜区等特殊保护区域，那么任何改变土地现状的行为都需要经过严格的审批，否则将构成违法。

3. 社员权益保护方面：

   • 社集体在做出这样的决策时，应当充分尊重社员的意见，保障社员的知情权、参与权和决策权。如果社集体未经合法程序，擅自决定并实施了打碎石头填土的行为，侵犯了社员的合法权益，那么社员可以通过法律途径来维护自己的权益。
   • 此外，如果这种行为导致了土地面积的纠纷进一步加剧，或者对社员的土地权益造成了损害，社集体还需要承担相应的赔偿责任。

建议：

• 社集体在做出任何改变土地现状的决策前，应当先了解清楚土地的性质、规划以及相关的法律法规要求。
• 如果确实需要进行土地改造，应当依法办理相关的审批手续，并充分尊重社员的意见和权益。
• 社员在发现社集体有违法行为时，应当及时向相关部门举报，并通过法律途径来维护自己的合法权益。

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