结论：在农民不知情的情况下，有人擅自进入耕地去捡石头并破坏耕地，这一行为确实属于违法。以下从多个角度进行详细分析：
从土地管理法的角度：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，耕地是受到严格保护的土地资源，任何单位和个人不得擅自改变其用途或进行破坏。擅自进入耕地捡石头并破坏耕地的行为，显然违反了土地管理法的规定，侵犯了农民对耕地的合法权益。
从侵权责任法的角度（虽已废止，但相关原则在民法典中得以延续）：
- 在原《中华人民共和国侵权责任法》及现行的《中华人民共和国民法典》侵权责任编中，均规定了行为人因过错侵害他人民事权益，应当承担侵权责任。在此情况下，擅自进入耕地捡石头并破坏耕地的行为人，因过错侵害了农民的耕地权益，应当承担相应的侵权责任，包括赔偿损失等。
从治安管理处罚法的角度：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的规定，对于故意损毁公私财物的行为，公安机关可以给予相应的治安管理处罚，如罚款、拘留等。擅自进入耕地捡石头并破坏耕地的行为，如果情节严重，也可能构成故意损毁公私财物的违法行为，受到治安管理处罚。
从刑事责任的角度：
- 在极端情况下，如果擅自进入耕地捡石头并破坏耕地的行为造成了严重的后果，如大量耕地被毁、生态环境严重破坏等，该行为还可能构成犯罪，如非法占用农用地罪、破坏生产经营罪等。此时，行为人将面临刑事责任的追究。
法律建议：
- 对于农民而言，如果发现有人擅自进入自己的耕地并破坏耕地，应立即向当地公安机关报案，并保留好相关证据，如现场照片、视频等，以便后续维权。
- 同时，农民也可以向当地土地管理部门或农业部门反映情况，寻求相关部门的帮助和支持。
- 如果行为人的行为造成了经济损失，农民还可以依法向人民法院提起民事诉讼，要求行为人赔偿损失。
后续行动：
- 农民在发现耕地被破坏后，除了及时报案和保留证据外，还可以积极与相关部门沟通，了解案件的进展情况，并配合相关部门的调查工作。
- 如果行为人被追究刑事责任或受到治安管理处罚，农民还可以根据判决结果或处罚决定，进一步维护自己的合法权益。
综上所述，擅自进入耕地捡石头并破坏耕地的行为确实属于违法，农民应积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。