农民在自己承包地用手捡矿石是否违法，需分情况讨论：

1. 若承包地性质为耕地或基本农田：

   • 法律背景：根据《土地管理法》及《基本农田保护条例》，耕地和基本农田受严格保护，禁止用于非农业建设，包括采矿、挖砂、取土等破坏耕作层的行为。即使仅用手捡矿石，若该行为实质上破坏了土壤结构或耕作层，仍可能构成违法。
   • 法律后果：可能面临土地管理部门责令停止违法行为、限期改正、恢复原状，并处罚款；若造成耕地严重破坏，还可能承担刑事责任（如非法占用农用地罪）。

2. 若承包地性质为未利用地或四荒地：

   • 法律背景：未利用地或四荒地（荒山、荒沟、荒丘、荒滩）的承包经营权人，在符合土地利用总体规划和环保要求的前提下，可依法开发利用土地资源。若捡矿石行为属于对土地资源的合理利用（如清理地表矿石用于自用或小规模销售），且未破坏生态环境，通常不违法。
   • 法律建议：建议提前向当地自然资源部门咨询，确认土地性质及开发利用的合法性边界，避免因信息不对称导致违法。

3. 若捡矿石行为涉及矿产资源开采：

   • 法律背景：根据《矿产资源法》，矿产资源属于国家所有，开采需依法取得采矿权。即使在自己承包地内，若矿石属于矿产资源（如金属矿、非金属矿等），未经许可擅自开采即构成违法。
   • 法律后果：可能面临矿产资源管理部门责令停止开采、没收违法所得、罚款；情节严重的，还可能构成非法采矿罪，承担刑事责任。

综合建议：

• 核实土地性质：首先确认承包地的土地性质（耕地、基本农田、未利用地等），可通过查询土地承包合同、向村委会或自然资源部门咨询等方式获取信息。
• 评估行为性质：若仅清理地表少量矿石且未破坏土壤结构，通常不违法；但若涉及大规模开采或破坏耕地，则需谨慎。
• 咨询行政许可：若计划进行矿石开采或大规模利用土地资源，建议提前向自然资源部门申请采矿权或土地开发利用许可，确保行为合法合规。

特别提醒：农村土地问题涉及土地管理、矿产资源、环保等多部法律法规，政策性强且地域差异大。若对行为合法性存疑，建议直接向我咨询，我会结合具体案情和当地政策为您提供专业法律意见。