在公司经营亏损并有违规行为的情况下，总经理和董事长应承担的责任需根据具体行为、公司章程及相关法律法规来综合判断，以下从民事责任、行政责任和刑事责任三个角度进行详细分析：
一、民事责任
总经理的责任
- 经营管理不善：若总经理在经营管理过程中未尽到合理的注意义务，如未进行充分的市场调研和风险评估导致投资失败，或违反公司章程规定的决策程序擅自进行重大投资或担保等行为，造成公司亏损，根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，总经理需对公司的损失承担赔偿责任。
- 违规行为损害公司利益：若总经理存在违规行为，如利用职权进行不正当的关联交易、挪用公司资金等，损害公司利益并导致亏损的，同样需承担赔偿责任。
董事长的责任
- 监督失职：董事长作为公司的最高管理者，有义务监督总经理及其他高级管理人员的行为。若董事长未履行或未正确履行监督职责，导致总经理的违规行为未得到及时制止，从而造成公司亏损，董事长可能需承担一定的连带责任。
- 直接违规行为：若董事长自身存在违规行为，如利用关联关系进行不正当的关联交易、擅自处置公司资产等，损害公司利益并导致亏损的，董事长需直接承担赔偿责任。
二、行政责任
总经理的责任
- 违反公司管理规定：若总经理违反公司章程或内部管理规定，如未经批准擅自进行重大投资或担保等，可能会受到公司的行政处分，如警告、罚款、降职等。
- 违反相关监管要求：若总经理违反国家对公司的财务报告、风险管理等监管要求，可能会受到行政处罚，包括警告、罚款等。
董事长的责任
- 违反国有资产管理规定（如适用）：若公司为国企，董事长作为国有资产的管理者，若违反国家有关国有资产管理的规定，如擅自处置国有资产或造成国有资产流失，可能会受到相应的行政处分，如警告、罚款、撤职等。
- 违反公司治理规定：董事长若违反公司治理的相关规定，如未召开董事会会议或未按规定程序进行决策等，可能会受到公司的行政处分或监管机构的行政处罚。
三、刑事责任
总经理的责任
- 严重失职、滥用职权：若总经理在企业经营管理过程中严重不负责任或滥用职权，导致企业发生重大亏损，致使公司利益遭受重大损失的，可能构成国有公司、企业人员失职罪或滥用职权罪（如公司为国企），或依据《中华人民共和国刑法》的其他相关规定承担刑事责任。
- 其他犯罪行为：若总经理存在贪污、受贿、挪用公款等犯罪行为，导致公司亏损的，将依法追究其相应的刑事责任。
董事长的责任
- 严重失职、滥用职权：与总经理类似，若董事长在企业经营管理过程中严重不负责任或滥用职权，导致企业发生重大亏损，致使公司利益遭受重大损失的，同样可能构成犯罪并承担刑事责任。
- 其他犯罪行为：若董事长存在贪污、受贿、挪用公款等犯罪行为，导致公司亏损的，也将依法追究其相应的刑事责任。
特殊情况说明：
- 若公司的亏损是由于市场变化、经济周期等不可抗力因素导致的，且总经理和董事长在职务履行过程中无过错或违法行为，那么一般来说，他们不会被追究个人责任。这种情况下，亏损被视为正常的经营风险。
- 在具体责任认定过程中，还需考虑总经理和董事长的行为与亏损之间的因果关系、是否存在过错或违法行为等多个因素。
总结与建议：
- 在公司经营亏损并有违规行为的情况下，总经理和董事长应承担的责任需根据具体行为、公司章程及相关法律法规来综合判断。
- 为避免或减少责任风险，总经理和董事长应严格遵守公司章程和内部管理规定，履行好各自的职责和义务，确保公司经营的合法性和合规性。
- 若公司出现亏损或违规行为，建议及时咨询专业律师，以便准确判断责任归属并采取相应的法律措施。
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