结论：是否可以依据新文件取消原文件有效期间签订的协议，这取决于新文件的具体内容、签订背景以及原协议中的相关约定。以下从不同角度进行分析：

1. 新文件与原协议的关系：

   • 替代关系：如果新文件明确表明其目的是替代原协议，并且双方在新文件中明确约定了原协议自新文件生效之日起失效，那么在这种情况下，新文件生效后，原协议即被取消。
   • 补充关系：如果新文件是对原协议的补充或修改，而非完全替代，那么新文件生效后，原协议中未被修改或补充的部分仍然有效，只有被修改或补充的部分按照新文件执行。

2. 新文件的法律效力：

   • 合法有效：新文件必须符合法律法规的规定，且双方意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形，才能具有法律效力。如果新文件存在违法或无效的情形，那么它无法取消原协议。
   • 生效条件：新文件可能附有生效条件，如双方签字盖章、满足特定条件等。只有在新文件满足生效条件后，它才能对原协议产生影响。

3. 原协议中的约定：

   • 取消条款：原协议中可能已经约定了取消或终止的条件和方式。如果新文件的签订符合原协议中的取消条款，那么原协议可以被取消。
   • 违约责任：如果原协议中约定了违约责任，而新文件的签订导致一方或双方违反了原协议，那么违约方可能需要承担违约责任，但这并不直接决定原协议是否被取消。

4. 实际操作建议：

   • 审查文件：在签订新文件前，务必仔细审查原协议和新文件的内容，确保新文件的签订不会违反原协议中的约定或法律法规的规定。
   • 明确约定：如果希望新文件能够取消原协议，建议在新文件中明确约定这一点，并说明取消的具体条件和方式。
   • 咨询专业人士：由于合同纠纷涉及复杂的法律问题，建议在签订新文件或处理相关纠纷时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到保障。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份销售合同（原协议），约定甲向乙销售一批货物。后来，由于市场变化，双方协商签订了一份新的销售合同（新文件），其中明确约定了新的价格、交货时间等条款，并注明“本合同自双方签字盖章之日起生效，原销售合同自本合同生效之日起失效”。在这种情况下，新文件生效后，原销售合同即被取消。

法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。合同的变更、解除或终止应当遵循法律法规的规定和双方的约定。因此，在处理合同纠纷时，应当仔细审查合同的内容和相关法律法规的规定。

建议：如果您面临类似的问题，建议先仔细审查原协议和新文件的内容，明确双方的权利和义务。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。