核心结论：同事的发票不符合规定时，应分情况处理，既要确保公司财务合规，也要妥善处理同事关系。以下是具体分析和建议：

1. 明确发票不合规的具体情形
   首先需确认发票不合规的具体表现，例如：

   • 发票抬头、税号错误；
     
   • 发票内容与实际业务不符（如虚构交易）；
     
   • 发票为虚假发票或已作废；
     
   • 发票金额与报销金额不一致；
     
   • 未按规定加盖发票专用章等。
     不同情形涉及的法律风险和公司内部规定可能不同，需针对性处理。

2. 公司内部处理流程

   • 拒绝报销：若发票明显不符合规定（如虚假发票），应直接拒绝报销，并告知同事原因，避免公司承担税务风险或行政处罚。
     
   • 退回补开：若发票存在可修正的瑕疵（如抬头错误），可要求同事联系开票方补开或重开发票，确保符合报销要求。
     
   • 内部审批：若同事坚持认为发票合规，可建议其通过公司内部审批流程（如提交财务负责人或法务审核）进行复核。

3. 法律风险提示

   • 公司责任：根据《税收征收管理法》和《发票管理办法》，公司若使用不合规发票入账，可能面临税务机关的罚款（如处1万元以下罚款），甚至被认定为偷税漏税。
     
   • 个人责任：若同事故意提供虚假发票，可能涉及《刑法》中的“虚开发票罪”（情节严重可处2年以下有期徒刑），公司也可依据内部规定追究其责任。

4. 沟通与教育建议

   • 私下沟通：以解决问题为导向，向同事说明发票合规的重要性，避免直接指责，维护同事关系。
     
   • 提供指导：可分享公司报销制度或税务部门发布的发票合规指南，帮助同事理解要求。
     
   • 例外处理：若同事因特殊原因（如紧急情况）无法取得合规发票，可建议其提前向公司申请特殊审批，而非事后补救。

总结：处理不合规发票时，需平衡合规性与人情，优先通过沟通、补开或内部审批解决问题；若涉及虚假发票等严重情形，则应坚决拒绝并提示法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。