当纪检部门发现合同与发票不符时，这通常涉及到合同管理、财务规范以及可能的税务问题，需要细致、严谨地处理。以下是根据不同情况，给出的详细处理建议：
一、笔误或信息传递失误导致的不一致
核实情况：
- 首先，纪检部门应与合同双方（如采购方与供应方）进行沟通，核实合同与发票不一致的具体原因。
- 确认是否为笔误、信息传递过程中的失误或误解导致的差异。
协商修正：
- 若确认是笔误或信息传递失误，双方应协商一致，签订补充协议来修正合同内容，使其与发票信息相符。
- 或者，由开具发票的一方重新开具发票，确保发票信息与合同内容一致。
二、偷逃税款等违法目的导致的不一致
收集证据：
- 纪检部门应深入调查，收集合同、发票、交易记录等相关证据，以确认是否存在偷逃税款等违法行为。
报告税务机关：
- 若发现存在偷逃税款等违法行为，纪检部门应及时向税务机关报告，并提供相关证据。
税务机关处理：
- 税务机关将根据《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国发票管理办法》等规定，对违法行为进行处罚。
- 处罚可能包括补缴税款、加收滞纳金、处以罚款，若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
三、交易实际情况与合同、发票均有出入
重新核实交易情况：
- 纪检部门应与合同双方共同核实实际交易情况，包括交易内容、金额、时间等关键信息。
签订新合同并开具正确发票：
- 根据实际交易情况，双方应重新确定交易内容、金额等关键信息，并签订新合同。
- 同时，由开具发票的一方根据新合同内容开具正确的发票。
四、预防措施与建议
加强合同管理：
- 企业应建立完善的合同管理制度，确保合同内容的准确性和完整性。
- 在签订合同前，应对合同条款进行仔细审查，避免笔误或信息传递失误。
强化财务规范：
- 企业应建立健全的财务管理制度，确保发票的开具、接收和保管符合规范。
- 定期对财务人员进行培训，提高其对发票管理的认识和技能。
建立内部监督机制：
- 企业应建立内部监督机制，对合同和发票的管理进行定期检查和审计。
- 及时发现并纠正合同与发票不一致的问题，防止类似问题的再次发生。
综上所述，当纪检部门发现合同与发票不符时，应根据具体情况采取相应的处理措施，并加强预防措施以避免类似问题的发生。