货车车厢加高60公分属于非法改装，交警罚款5000元的同时是否扣分，需结合具体违法情形和地方规定判断，但通常伴随扣分处罚。以下是详细分析：

1. 加高车厢属于非法改装，违反《道路交通安全法》

根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。货车车厢加高60公分明显改变了车辆原有结构，属于非法改装行为，交警有权依法处罚。

2. 罚款5000元的依据

• 法律依据：根据《机动车登记规定》第七十九条，擅自改变机动车外形和已登记技术数据的，由公安机关交通管理部门责令恢复原状，并处警告或500元以下罚款。但若加高行为导致车辆超限运输（如总高度超过4米），则可能依据《公路安全保护条例》第六十四条，由交通运输主管部门处3万元以下罚款。
• 实际执法：交警现场查处时，若认定加高行为仅涉及非法改装（未超限），罚款通常在500元以下；但若加高导致车辆超限或存在其他严重安全隐患（如影响制动性能），可能合并处罚或移交交通部门处理，罚款金额可能更高（如5000元可能包含其他违法情节的叠加处罚）。

3. 是否扣分需分情况讨论

• 一般情形：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，非法改装机动车的，通常记1分（如“驾驶擅自改变已登记的结构、构造或者特征的载货汽车上道路行驶的”）。
• 严重情形：若加高行为导致车辆超限运输，且驾驶员无法提供超限运输许可，可能同时违反《公路安全保护条例》第六十四条，此时除罚款外，还可能记6分（如“驾驶机动车载货长度、宽度、高度超过规定的”）。
• 地方差异：部分地区对货车非法改装处罚更严，可能直接记6分或更高，需结合当地具体规定。

4. 建议处理步骤

1. 核实处罚依据：要求交警出具《行政处罚决定书》，明确违法条款（如《道路交通安全法》第十六条或《公路安全保护条例》第六十四条）及罚款金额计算方式。
2. 申请复核：若认为处罚过重或扣分不合理，可在收到决定书后60日内向同级人民政府或上一级公安机关交通管理部门申请行政复议。
3. 恢复原状：尽快将车厢恢复至登记状态，避免后续被重复处罚。

总结：货车车厢加高60公分属于非法改装，罚款5000元可能包含其他违法情节（如超限运输），扣分通常为1-6分，具体需结合违法情形和地方规定。如有疑问，可直接向我咨询详细处理方案。