民事案件中被排除的证人出具的证据，其有效性取决于该证据被排除的具体原因。如果证据因非法获取、违背公序良俗或存在严重瑕疵而被排除，则该证据通常无效；但如果证据虽存在一定问题，但未被完全排除，或符合特定条件下的采纳标准，则可能仍具有部分证明力。以下是对此问题的详细分析：
一、非法获取的证据应被排除，无效
严重侵害他人合法权益的方法取得的证据：
- 如果证人是通过非法侵入他人住宅、私拆他人信件、在他人私密场所安装窃听设备等手段获取证据，这些行为严重侵犯了他人的隐私权、通信自由等合法权益。在此情况下，该证人出具的证据将被排除，无效。
违反法律禁止性规定的方法取得的证据：
- 使用法律明确禁止的设备或方法（如间谍器材）进行偷拍、偷录，所获取的证据因违反法律规定而不能作为认定案件事实的依据。同样，此类证据也将被排除，无效。
主体不合法的证据：
- 如果证人本身是无民事行为能力的未成年人或精神病人，其提供的证言因主体不具备作证能力，故该证据应被排除，无效。
形式不合法的证据：
- 证据若不符合《民事诉讼法》规定的八种证据形式，或单位出具的证明材料缺少必要的签名、盖章等，均属于形式不合法的证据。此类证据也将被排除，无效。
程序不合法的证据：
- 如公文书证未在所在国公证机关证明或未履行相关条约中规定的证明手续，这类程序不合法的证据同样将被排除，无效。
二、违背公序良俗的证据应被排除，无效
- 如果获取证据的方式严重违背社会基本的道德观念、伦理秩序等公序良俗原则，如以威胁、胁迫他人违背真实意愿提供虚假证据，或以违背人伦道德的方式诱导他人做出不利于自己的陈述，这些证据同样应被排除，无效。
三、特殊情况下的证据排除与采纳
涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益的事实：
- 在特定情况下，如果证据虽然取得方式存在一定瑕疵，但为查明重大的国家利益、社会公共利益相关事实所必需，且该瑕疵不至于从根本上影响证据的真实性和关联性，法院可能不会轻易排除该证据。此时，该证人出具的证据可能仍具有部分证明力。
自认的事实与证人证言的关联：
- 虽然自认的事实与证人证言是两种不同的证据类型，但如果一方当事人对另一方当事人主张的于己不利的事实明确表示承认，且这种自认与证人证言相矛盾，法院在判断时可能会综合考虑双方证据的真实性和可靠性。不过，这并不意味着证人证言因此无效，而是需要法院根据具体情况进行裁量。
法官的自由裁量权：
- 法官在审理案件时，会根据证据的具体情况、可靠性、合法性以及案件的整体情况进行综合判断。如果证人证言虽然存在一些问题，但能与其他证据相互印证，且对案件事实的认定具有关键作用，法官可能会酌情采纳该证言。
四、瑕疵证据的处理
- 证据存在瑕疵，如证人的书面证言没有证人签名、视听资料存在剪辑但无法证明内容真实性等，可能导致证据证明力降低。然而，这并不意味着这些证据一定会被直接排除，而是需要结合案件的具体情况来判断其是否仍然具有证明价值。如果瑕疵不影响证据的真实性和关联性，且没有其他更充分的证据来推翻它，那么该证人出具的证据可能仍具有一定的证明力。
总结与建议：
在民事案件中，证人出具的证据若因非法获取、违背公序良俗或存在严重瑕疵而被排除，则该证据通常无效。然而，在特殊情况下，如证据涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益，或法官认为证据虽存在瑕疵但仍具有证明价值时，该证据可能仍被采纳。因此，在处理民事案件时，应综合考虑各种因素来判断证人出具的证据是否有效。如果您在民事案件中遇到了关于证人证据有效性的问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。