结论：公司借款发生在新公司法施行前，起诉后是否可以一并起诉认缴出资股东，需结合具体情况判断，主要取决于借款纠纷发生时股东的出资义务履行情况以及新公司法是否具有溯及力等因素。以下从不同角度进行分析：
一、从股东出资义务履行情况角度分析
若借款纠纷发生时，股东已按期足额缴纳出资
- 在这种情况下，股东已经履行了其出资义务，对公司债务不承担额外的责任。因此，即使公司借款发生在新公司法施行前，起诉时也不能一并起诉已足额缴纳出资的股东。因为股东的出资义务已经完成，其个人财产与公司财产相独立，无需对公司债务承担连带责任。
若借款纠纷发生时，股东未履行或未全面履行出资义务
- 根据《公司法》及相关司法解释的规定，股东未履行或未全面履行出资义务的，应当在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。因此，如果公司借款发生在新公司法施行前，且股东在借款纠纷发生时未履行或未全面履行出资义务，那么在起诉时，可以一并起诉该股东，要求其在未出资本息范围内承担补充赔偿责任。
二、从新公司法溯及力角度分析
新公司法不具有溯及力的情况
- 通常，法律不具有溯及力，即新法实施前发生的行为，适用行为发生时的法律。如果新公司法明确规定不具有溯及力，或者没有相关规定表明其可以适用于新法实施前的行为，那么对于公司借款发生在新公司法施行前的情况，应适用借款纠纷发生时的法律。在这种情况下，如果借款纠纷发生时股东已足额缴纳出资，则不能起诉股东；如果未缴纳，则根据当时法律追究股东责任。
新公司法具有溯及力或特定条款具有溯及力的情况
- 如果新公司法或其特定条款明确规定具有溯及力，或者通过法律解释可以认为其适用于新法实施前的行为，那么可能需要根据新公司法的规定来处理。但这种情况较为特殊，需要具体分析新公司法的相关规定以及司法实践中的做法。不过，就股东出资义务而言，即使新公司法具有溯及力，也通常不会改变股东已履行出资义务的事实，因此，在股东已足额缴纳出资的情况下，仍不能起诉股东。
三、实际操作建议
- 审查股东出资情况：在起诉前，应详细审查股东的出资情况，包括出资时间、出资方式、出资额等，以确定股东是否已履行出资义务。
- 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性，特别是涉及公司法务和股权转让等领域的问题，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。我可以根据你公司的具体情况，为你提供详细的法律分析和建议。
- 准备相关证据：在起诉时，应准备充分的证据来证明股东的出资情况以及公司债务的情况，以便在诉讼中维护自己的合法权益。
总结：公司借款发生在新公司法施行前，起诉后是否可以一并起诉认缴出资股东，需根据股东的出资义务履行情况以及新公司法的溯及力等因素进行综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。