结论：即使有限责任公司出售不动产的股东决议都已签字同意，仍然建议保留通知程序的证据。
分析说明：
法律程序完整性：
- 根据《公司法》及相关规定，公司在进行重大资产处置（如出售不动产）时，通常需要履行一定的内部决策程序，包括通知股东、召开股东会或董事会等。
- 保留通知程序的证据，可以证明公司已经按照法定程序进行了操作，确保了决策的合法性和有效性。
股东权益保护：
- 通知程序是股东了解公司重大事项、行使表决权的重要途径。保留通知证据，可以证明公司已经充分尊重了股东的知情权，避免了因信息不对称而引发的股东纠纷。
- 如果未来有股东对出售不动产的决策提出异议或诉讼，通知程序的证据将成为公司辩护的重要依据。
公司治理规范：
- 保留通知程序的证据，有助于公司建立规范的治理结构，提升公司的管理水平和信誉度。
- 在公司审计、合规检查或外部融资等场合，规范的治理结构和完整的决策程序记录往往能够为公司赢得更多的信任和支持。
潜在法律风险防范：
- 尽管股东决议已经签字同意，但如果未来有股东主张其未收到通知或未充分了解决策内容，公司可能面临法律风险。保留通知证据，可以有效防范此类风险。
- 在某些情况下，即使股东决议已经签字，但如果通知程序存在瑕疵，法院或仲裁机构仍可能认定决策无效或可撤销。
行动建议：
- 完善通知程序：在未来的公司决策中，确保按照法定程序通知所有股东，并保留好通知的发送记录、签收证明等证据。
- 建立档案管理制度：建议公司建立完善的档案管理制度，将股东会决议、通知程序证据等重要文件妥善保管，以备不时之需。
- 咨询专业律师：如果对公司决策程序或通知程序有疑问，建议及时咨询专业律师，以确保公司的决策合法合规。
总结：保留通知程序的证据对于有限责任公司出售不动产等重大决策至关重要，它不仅关乎决策的合法性和有效性，还涉及股东权益保护、公司治理规范以及潜在法律风险的防范。因此，即使股东决议已经签字同意，公司仍应妥善保留通知程序的证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。