结论：三人合伙使用别人的公司进行经营，能否起诉该公司取决于具体的法律关系和事实情况。以下从不同角度进行分析：
合伙协议与公司关系：
- 如果三人与公司之间存在明确的合伙协议，且协议中规定了各方的权利和义务，包括使用公司名义进行经营的具体条款，那么当公司违反协议约定时，三人有权依据合伙协议起诉公司。
- 例如，若协议中明确约定公司应提供必要的经营支持，但公司未履行，导致三人遭受损失，三人可以起诉公司要求赔偿。
名义使用与责任承担：
- 如果三人仅是借用公司的名义进行经营，而实际经营、收益和风险均由三人承担，那么公司可能仅作为名义上的主体存在。在此情况下，若因公司名义的使用导致法律纠纷（如债务纠纷），三人可能需要先承担法律责任，之后再根据内部约定或实际情况向公司追偿。
- 但若公司明知三人借用其名义进行非法或违规经营，仍提供便利，公司可能需承担连带责任。此时，三人可以直接起诉公司要求其承担相应责任。
公司法人与股东责任：
- 如果该公司是有限责任公司或股份有限公司，且三人并非公司的股东或法定代表人，那么公司的债务和责任通常应由公司自身承担，与三人无关。但若三人作为实际经营者，存在与公司财产混同、滥用公司法人独立地位等情形，可能需对公司债务承担连带责任。
- 在此情况下，若三人认为公司应承担某项责任或赔偿损失，需先证明公司存在过错或违约行为，且该行为与三人遭受的损失之间存在因果关系。
具体法律后果与建议：
- 法律后果：能否起诉公司以及起诉后的胜诉可能性，取决于具体的证据和法律规定。若证据不足或法律规定不明确，可能导致起诉失败或无法获得预期赔偿。
- 建议：
- 在决定起诉前，三人应详细梳理与公司的法律关系、合伙协议内容以及实际经营情况，收集相关证据（如合同、交易记录、沟通记录等）。
- 咨询专业律师，对案件进行全面评估，了解起诉的可行性、风险及可能获得的赔偿。
- 根据律师建议，制定合适的诉讼策略，包括确定被告、诉讼请求、事实理由等。
进一步思考：在处理此类纠纷时，除了考虑法律关系和证据外，还需关注实际经营过程中的合规性问题。若三人借用公司名义进行经营时存在违规行为（如未办理相关手续、偷税漏税等），可能面临行政处罚或刑事责任。因此，在起诉公司前，三人应确保自身经营行为的合法性，避免因自身违规行为导致不利后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。