关于供热公司收取千分之三的滞纳金是否合理的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
合同约定层面：
- 如果供热合同中明确约定了逾期缴纳供热费的滞纳金计算方式，且千分之三的滞纳金标准在该合同中有明确体现，同时该标准在合理范围内（通常，滞纳金标准会在合同中以每日或每月的比例形式出现，千分之三若指的是每日比例，则相对较高，但需结合合同整体条款及行业惯例判断），那么供热公司按合同约定收取滞纳金是有一定依据的。
- 若合同中没有明确约定滞纳金条款，或者约定的滞纳金标准与千分之三不符，供热公司擅自收取千分之三的滞纳金则缺乏合同依据，此时收取是不合理的。
法律规定层面：
- 根据《民法典》等相关法律，当事人主张的违约金（类似滞纳金性质）如果过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，即使合同中有滞纳金条款，如果千分之三的滞纳金标准被认定为过分高于供热公司因用户逾期缴费造成的实际损失，那么该标准可能会被调整。
- 此外，部分地方政府会出台供热管理办法等法规，对滞纳金的标准或上限进行规定。如果当地有相关法规，且千分之三的滞纳金标准超过了法规规定的上限，那么该标准也是不合法的。
实际情况层面：
- 如果用户因特殊原因（如未居住、经济困难等）未能及时缴纳供热费，且已按照当地供热管理规定和供热公司要求办理了相关手续（如停热申请、延期缴费申请等），但因各种原因未能及时缴纳剩余应缴费用，此时供热公司收取高额滞纳金可能不太合理。供热公司应考虑用户的实际情况，适当减免滞纳金。
- 若用户未办理任何相关手续，且供热公司已正常供热，用户因自身原因未缴纳供热费，那么用户有缴费责任。但即便如此，如果滞纳金标准过高，用户仍可以与供热公司协商调整，或寻求法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 如果你认为供热公司收取的千分之三滞纳金不合理，首先应查阅与供热公司签订的合同，了解滞纳金的具体规定。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，或者你认为滞纳金标准过高，可以与供热公司进行沟通协商，要求其提供滞纳金计算明细，并尝试协商减免滞纳金。
- 若协商不成，你可以向当地的供热管理部门投诉反映，寻求行政调解。
- 必要时，你也可以通过诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
最后，我想强调的是，法律问题的解决往往需要综合考虑多个因素，包括合同约定、法律规定以及实际情况等。因此，在面对类似问题时，建议你保持冷静，积极收集证据，并寻求专业法律人士的帮助（当然，这里你可以直接向我咨询）。