结论：员工使用公司章自行制作离职证明且拒不承认的情况下，公司投诉后能否查出来，取决于多个因素，包括公司内部管理情况、证据收集情况以及司法鉴定等手段的应用。以下从不同角度进行分析：
一、公司内部管理角度
印章管理情况：
- 如果公司印章管理严格，有详细的用章记录，那么通过查询用章记录，可以迅速查明离职证明上的印章是否为公司正式印章，以及用章时间、用途等关键信息。
- 如果公司印章管理松散，没有详细的用章记录，那么公司可能难以直接证明离职证明上的印章是员工私自加盖的。
离职证明制作流程：
- 如果公司有规范的离职证明制作流程，比如离职证明需要由特定部门或人员制作并加盖印章，那么通过调查制作流程，可以查明离职证明的真实来源。
- 如果公司没有规范的离职证明制作流程，那么员工可能更容易私自制作离职证明。
二、证据收集角度
直接证据：
- 如果公司能够收集到员工私自制作离职证明的直接证据，比如监控录像、员工承认私自制作离职证明的录音或书面材料等，那么这些证据将直接证明员工的违法行为。
间接证据：
- 如果公司无法收集到直接证据，但可以通过其他间接证据来推断员工私自制作离职证明，比如离职证明上的字体、排版与公司的正式文件存在明显差异，或者离职证明上的信息与公司记录不符等，这些间接证据也可能对证明员工的违法行为起到一定作用。
三、司法鉴定角度
印章鉴定：
- 如果公司怀疑离职证明上的印章是伪造的，可以申请司法鉴定机构对印章进行鉴定。司法鉴定机构可以通过比对印章的印文、印章的制作工艺等特征，来判断印章的真伪。
文件鉴定：
- 如果公司怀疑离职证明的内容被篡改或伪造，可以申请司法鉴定机构对文件进行鉴定。司法鉴定机构可以通过分析文件的纸张、墨迹、排版等特征，来判断文件是否被篡改或伪造。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果员工确实私自制作了离职证明并加盖了公司印章，且该行为给公司造成了损失或不良影响，那么员工可能面临法律责任，包括赔偿损失、承担行政责任甚至刑事责任（如伪造公司印章罪）。
建议：
- 公司应加强印章管理，建立严格的用章制度，确保印章的使用有记录可查。
- 公司应规范离职证明的制作流程，明确离职证明的制作部门和人员，避免员工私自制作离职证明。
- 如果公司发现员工私自制作离职证明，应及时收集证据并报警或采取其他法律措施维护自身权益。
总结来说，员工使用公司章自行制作离职证明且拒不承认的情况下，公司能否查出来取决于公司内部管理情况、证据收集情况以及司法鉴定等手段的应用。公司应加强内部管理，规范离职证明制作流程，并在发现员工违法行为时及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。