结论：员工不同意公司12小时两班倒的工作安排并选择离职，一般情况下不能直接要求公司赔偿，但若公司存在违法行为或违反劳动合同约定，员工则有权要求赔偿。以下从不同角度进行分析：
一、公司安排12小时两班倒是否合法
工作时间规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若公司安排12小时两班倒，且未依法支付加班费或未安排补休，则可能违反法律规定。
加班与休息：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。若公司安排12小时两班倒，且未满足上述条件，则可能构成违法加班。
二、员工不同意工作安排并离职的情况
员工辞职权：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。员工有权根据自己的意愿选择离职，无需公司同意。
公司违法行为下的赔偿：
- 若公司安排12小时两班倒违反法律规定，且未依法支付加班费或未安排补休，员工在离职时有权要求公司支付加班费及相应的经济补偿。
- 若公司因员工不同意违法工作安排而采取解雇等不当措施，员工则有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
三、员工如何维护自身权益
与公司协商：
- 员工可以首先与公司协商，要求公司调整工作安排或支付加班费及经济补偿。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 若投诉无果或公司拒绝履行义务，员工可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付加班费、经济补偿或赔偿金等。
四、具体案例与法律建议
- 案例：假设某公司安排员工12小时两班倒，且未依法支付加班费。员工不同意该工作安排并选择离职。在此情况下，员工有权要求公司支付加班费及相应的经济补偿。
- 法律建议：员工在离职前应收集相关证据，如工作安排通知、考勤记录、工资单等，以证明公司存在违法行为。同时，员工应咨询专业律师（即我，陈海峰律师，专注于劳动工伤等领域），了解自身权益及维权途径，并根据律师建议采取相应措施。
总结：员工不同意公司12小时两班倒的工作安排并选择离职时，不能直接要求公司赔偿。但若公司存在违法行为或违反劳动合同约定，员工则有权要求公司支付加班费、经济补偿或赔偿金等。员工应了解自身权益及维权途径，并在必要时咨询专业律师以获取法律帮助。