对于两人控股的公司犯罪的处理，需结合公司性质、犯罪类型及责任归属综合判断，具体分析如下：
公司犯罪的刑事责任承担
根据《刑法》第三十条、第三十一条，公司作为独立法人，若实施犯罪行为（如单位行贿、非法经营、污染环境等），需承担刑事责任，处罚形式为罚金。此时，公司是刑事责任的直接主体，与股东人数无关，两人控股的公司与多人控股的公司在此层面无本质区别。
股东个人责任的认定
股东是否需承担个人责任，需分情况讨论：
- 若股东未直接参与犯罪：仅作为投资者，通常不承担刑事责任。例如，公司因财务造假被处罚，但股东未参与决策或实施行为，则个人无责。
- 若股东直接参与犯罪：如作为公司实际控制人、直接负责的主管人员或其他直接责任人员，组织、指挥或实施犯罪行为，则需与公司共同承担刑事责任。例如，两人控股的公司走私普通货物，若两名股东均参与决策或执行，可能被认定为“直接负责的主管人员”，与公司一并被追究走私罪的刑事责任。
- 特殊情形：股东滥用公司法人地位：根据《公司法》第二十条，若股东通过滥用公司独立地位和股东有限责任（如人格混同、过度支配与控制），逃避债务或实施犯罪，可能被要求对公司债务或犯罪后果承担连带责任。例如，股东将公司资金转入个人账户用于非法活动，可能被认定为“人格混同”，需对公司犯罪承担个人责任。
实务中的关键点
- 犯罪意志的归属：需证明犯罪行为是公司整体意志的体现（如通过股东会决议、董事会决策），而非个人行为。若犯罪仅由部分股东主导，其他股东未参与且不知情，则未参与股东通常不担责。
- 利益分配的关联性：若股东从犯罪行为中直接获利（如通过分红、关联交易转移利益），可能被认定为“共同犯罪”或“帮助犯”，加重个人责任。
- 合规体系的影响：若公司已建立合规制度（如反贿赂合规、财务审计），且股东能证明已尽到合理监督义务，可能成为免责或减责的抗辩理由。
建议：若公司涉及犯罪风险，股东应立即停止相关行为，隔离个人财产与公司财产，并咨询律师评估责任边界。若已面临刑事调查，需配合调查但谨慎陈述，避免自证其罪。具体案件需结合证据和细节进一步分析，如有疑问可直接向我咨询。